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タイトルHigh-Yield Production of Modified DNA Enables Structural Analysis of PARP2 Recognition of Nucleosomal Single-Strand Breaks.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 438, Issue 10, Page 169753, Year 2026
掲載日2026年5月15日
著者Chathuni Jayathilake / Clare E Mewhinney / Emily R Gregory-Lott / Rajbinder K Virk / Riya Nair / Junseo Yang / Eun Cho / Alexander G Day / Derek J Taylor / Tae Hun Kim /
PubMed 要旨Preparation of high-quality nucleosomal DNA substrates in milligram quantities remains a major bottleneck for mechanistic studies of chromatin-associated processes. Here, we present an optimized ...Preparation of high-quality nucleosomal DNA substrates in milligram quantities remains a major bottleneck for mechanistic studies of chromatin-associated processes. Here, we present an optimized large-scale PCR workflow that enables rapid, low-cost production of diverse nucleosomal DNAs suitable for biochemical assays and high-resolution cryo-EM. Systematic optimization of amplification conditions yields milligram quantities of homogeneous DNA that can be fluorescently or biotin-labeled and enzymatically modified to introduce site-specific single-strand breaks (SSBs) or epigenetic marks. We also engineered an improved Nt.BsmAI nickase variant (R386D) that minimizes undesired double-strand cleavage while maintaining robust nicking activity. Using nucleosomes reconstituted with these engineered DNAs, we demonstrate the versatility of this platform across EMSA, biolayer interferometry, and cryo-EM. Structural analysis reveals how the PARP2 WGR domain engages an SSB within the nucleosome and uncovers associated shifts in H2B tail conformation that facilitate access to lesions positioned near the tail. Overall, this workflow provides a robust and scalable method for generating precisely modified nucleosomal substrates, enabling quantitative and structural dissection of PARP2-mediated DNA damage recognition and the coupled histone H2B tail rearrangements that facilitate lesion accessibility in chromatin.
リンクJ Mol Biol / PubMed:41819421
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 4.64 Å
構造データ

74561

9zq9

EMDB-74561, PDB-9zq9:
Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

74562

9zqa

EMDB-74562, PDB-9zqa:
Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

74563

9zqb

EMDB-74563, PDB-9zqb:
Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

74564

9zqc

EMDB-74564, PDB-9zqc:
Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

EMDB-75074: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1, Consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-75075: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1, Focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.64 Å

EMDB-75079: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2, Consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-75080: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2, Focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.09 Å

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA damage binding protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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