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タイトルStomatin encapsulates aquaporin-1 and urea transporter-B in the erythrocyte membrane.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 14, Page eaec1721, Year 2026
掲載日2026年4月3日
著者Francesca Vallese / Huan Li / Lucia Barazzuol / Tito Calì / Oliver B Clarke /
PubMed 要旨Stomatin is a ubiquitous and highly expressed protein in erythrocytes, which associates with cholesterol-rich microdomains in the plasma membrane and is known to regulate the activity of multiple ion ...Stomatin is a ubiquitous and highly expressed protein in erythrocytes, which associates with cholesterol-rich microdomains in the plasma membrane and is known to regulate the activity of multiple ion channels and transporters, but the structural basis of association with stomatin targets remains unknown. Here, we describe high-resolution structures of multiple stomatin complexes with endogenous binding partners isolated from human erythrocyte membranes, revealing that stomatin specifically associates with two membrane proteins involved in water transport and cell volume regulation, aquaporin-1 and the urea transporter SLC14A1. Together, our results reveal the structural basis of stomatin oligomerization, membrane association, and target recruitment and identify a putative role for stomatin in the regulation of osmotic balance in the erythrocyte.
リンクSci Adv / PubMed:41921000 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 3.1 Å
構造データ

73881

9z7u

EMDB-73881, PDB-9z7u:
Human Stomatin - C8 Symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

74046

9zcz

EMDB-74046, PDB-9zcz:
C4 local refinement of stomatin-bound aquaporin (human)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

74047

9zd0

EMDB-74047, PDB-9zd0:
C3 local refinement of Urea Transporter B (SLC14A1) bound to human stomatin oligomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

74049

9zd2

EMDB-74049, PDB-9zd2:
C1 local refinement of aquaporin 1 bound to endogenous human stomatin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

74052

9zd5

EMDB-74052, PDB-9zd5:
Human Stomatin - intramembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-S1P:
(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Oligomer / C8 symmetry / scaffold / TRANSPORT PROTEIN / aquaporin / SPFH / solute carrier / SLC / intramembrane region

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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