[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルFilament-driven activation of the Kongming antiviral system by deoxyinosine triphosphate.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Year 2026
掲載日2026年2月3日
著者Xiangkai Zhen / Yu Li / Zihe Liu / Yang Huang / Xurong Wang / Shuying Xu / Yuchen Jiang / Fan Li / Jinfu Su / Qi Lai / Shaowei Li / Ningshao Xia / Qingbing Zheng / Songying Ouyang /
PubMed 要旨Nucleotide-derived second messengers are frequently deployed by bacteria to activate effector proteins to mediate the immunity. The Kongming system uses deoxyinosine triphosphate (dITP) to trigger ...Nucleotide-derived second messengers are frequently deployed by bacteria to activate effector proteins to mediate the immunity. The Kongming system uses deoxyinosine triphosphate (dITP) to trigger nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) depletion via the Sir2-domain protein KomC. We reveal that dITP binding to the KomB-KomC (KomBC) complex stabilizes KomB dimerization, initiating hierarchical allosteric changes. This drives KomBC filament assembly, which is essential for activating the NADase activity of KomC. Cryo-EM structures of apo-, dITP-bound, NAD-bound and postcatalytic KomBC filaments show the structural landscape of how dITP-induced remodeling reshapes the catalytic pocket of KomC, enabling NAD hydrolysis. Mutagenesis confirms that filament assembly and allostery are critical for catalysis. These findings elucidate the structural basis for the recognition of the nucleotide derivative signaling molecule, the assembly and the filament-mediated allosteric activation mechanism in prokaryotic immunity and a distinct variation of Sir2 NADase activation.
リンクMol Cell / PubMed:41638213
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.35 - 3.67 Å
構造データ

64664

9v0g

EMDB-64664, PDB-9v0g:
Helical structure of KomBC Complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.46 Å

64676

9v0y

EMDB-64676, PDB-9v0y:
Helical structure of KomBC in complex with dITP and NAM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.64 Å

64677

9v0z

EMDB-64677, PDB-9v0z:
Cryo-EM structure of KomBC Tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

64680

9v12

EMDB-64680, PDB-9v12:
Helical structure of KomBCMUT in complex with dITP and NAD
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.57 Å

64731

9v2k

EMDB-64731, PDB-9v2k:
Cryo-EM structure of KomBC Tetra-tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

64733

9v2m

EMDB-64733, PDB-9v2m:
Cryo-EM structure of KomBC Tetra-dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

64788

9v57

EMDB-64788, PDB-9v57:
Helical structure of KomBC in complex with dITP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.04 Å

化合物

ChemComp-Y43:
2'-deoxyinosine 5'-triphosphate / dITP

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NCA:
NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / 薬剤*YM

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

由来
  • archangium gephyra (バクテリア)
キーワードCELL INVASION / Helical structure of KomB-KomC Complex / filament / KomBC in complex with dITP and NAM / Cryo-EM structure of KomB-KomC Oligomer / Cryo-EM / Sir2 / KomB-KomC / dimer / KomBc / dITP

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る