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Structure paper

タイトルMolecular structure of the ESCRT-III-based archaeal CdvAB cell division machinery.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 123, Issue 3, Page e2525941123, Year 2026
掲載日2026年1月20日
著者Tina Drobnič / Ralf Salzer / Tim Nierhaus / Margaret Ke Xin Jiang / Dom Bellini / Astrid Steindorf / Sonja-Verena Albers / Buzz Baum / Jan Löwe /
PubMed 要旨Most prokaryotes divide using filaments of the tubulin-like FtsZ protein, while some archaea employ instead ESCRT-III-like proteins and their filaments for cell division and cytokinesis. The ...Most prokaryotes divide using filaments of the tubulin-like FtsZ protein, while some archaea employ instead ESCRT-III-like proteins and their filaments for cell division and cytokinesis. The alternative archaeal system comprises Cdv proteins and is thought to bear some resemblance to ESCRT-III-based membrane remodeling in other domains of life, including eukaryotes, especially during abscission. Here, we present biochemical, crystallographic, and cryo-EM studies of the Cdv machinery. CdvA, an early non-ESCRT component, adopts a PRC-domain/coiled-coil fold and polymerizes into long double-stranded helical filaments, mainly via hydrophobic interfaces. Monomeric CdvB adopts the canonical ESCRT-III fold in both a closed and a distinct "semiopen" conformation. Soluble CdvB2 filaments are composed of subunits in the closed state, appearing to transition to the open, active state only when polymerized on membranes. Short N-terminal amphipathic helices in all CdvB paralogues, B, B1, and B2, mediate membrane binding and are required for liposome recruitment in vitro. We provide a molecular overview of archaeal ESCRT-III-based cytokinesis machinery, the definitive demonstration that CdvB proteins are bona fide ESCRT-III homologues, and reveal the molecular basis for membrane engagement. Thus, we illuminate conserved principles of ESCRT-mediated membrane remodeling and extend them to an anciently diverged archaeal lineage.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:41543908 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度2.2 - 4.07 Å
構造データ

54673

9s97

EMDB-54673, PDB-9s97:
CdvB2 filament - low twist
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

54674

9s98

EMDB-54674, PDB-9s98:
CdvB2 filament - high twist, class A
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.86 Å

54675

9s99

EMDB-54675, PDB-9s99:
CdvB2 filament - high twist, class B
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.98 Å

54678

9s9h

EMDB-54678, PDB-9s9h:
S. islandicus CdvA filament (cryo-EM)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.07 Å

PDB-9s9g:
S. islandicus CdvA filament (X-ray)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-9s9i:
S. islandicus CdvA (non-polymerising mutant)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9s9j:
S. islandicus CdvB (closed)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-9s9k:
S. islandicus CdvB (semi open)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
  • saccharolobus islandicus (古細菌)
キーワードCELL CYCLE / cell division / ESCRT-III / membrane remodelling / archaea

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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