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タイトルMechanistic insights into recruitment and regulation of the RNA helicase UPF1 in replication-dependent histone mRNA decay.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 155, Year 2026
掲載日2026年1月3日
著者Alexandrina Machado de Amorim / Guangpu Xue / Wenxia He / Theresa Dittmers / Sarah Lewandowski / Cecilia Perez-Borrajero / Juliane Bethmann / Nevena Mateva / Clemens Krage / Vidhyadhar Nandana / Bernhard Loll / Tarek Hilal / Janosch Hennig / Henning Urlaub / William F Marzluff / Sutapa Chakrabarti /
PubMed 要旨Metazoan histone mRNAs are a unique class of mRNAs that lack the poly(A) tail present in all other eukaryotic transcripts. Instead, they end in a conserved stem-loop (SL) structure, necessitating a ...Metazoan histone mRNAs are a unique class of mRNAs that lack the poly(A) tail present in all other eukaryotic transcripts. Instead, they end in a conserved stem-loop (SL) structure, necessitating a decay mechanism that is distinct from deadenylation-initiated degradation. Here, combining structural and functional approaches, we elucidate molecular mechanisms of initiation of histone mRNA decay. At the end of S-phase, the RNA helicase UPF1, the exoribonuclease 3'hExo and stem-loop binding protein SLBP all contribute to histone mRNA degradation, although how they are mechanistically coupled remained unknown. The cryoEM structure of an UPF1:SL RNA complex, presented here, shows that binding of UPF1 partially melts the RNA stem in the absence of ATP, harnessing the free energy derived from RNA-binding to unwind RNA. This melting event primes the SL-RNA for decay by 3'hExo. Using biochemical and cellular analyses, we demonstrate that SLBP directly engages the UPF1 helicase core to attenuate its unwinding activity and prevent premature degradation. Activation of UPF1 at a later stage promotes SL-RNA decay. We provide direct evidence that UPF1, SLBP and 3'hExo form a degradosome-like assembly that functionally couples SL unwinding and degradation, highlighting a dynamic and intricate network of UPF1-centric interactions that orchestrates timely histone mRNA decay.
リンクNat Commun / PubMed:41484129 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 Å
構造データ

53417

9qwn

EMDB-53417, PDB-9qwn:
Human UPF1 in complex with the histone stem loop RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードHYDROLASE / ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 HOMOLOG / HUPF1 / UP FRAMESHIFT / histone stem loop mRNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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