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Structure paper

タイトルStructural basis for DNA break sensing by human MRE11-RAD50-NBS1 and its regulation by telomeric factor TRF2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 8320, Year 2025
掲載日2025年9月18日
著者Yilan Fan / Filiz Kuybu / Hengjun Cui / Katja Lammens / Jia-Xuan Chen / Michael Kugler / Christophe Jung / Karl-Peter Hopfner /
PubMed 要旨The MRE11-RAD50-NBS1 (MRN) complex is a central, multifunctional factor in the detection, signaling and nucleolytic processing of DNA double-strand breaks (DSBs). To clarify how human MRN binds ...The MRE11-RAD50-NBS1 (MRN) complex is a central, multifunctional factor in the detection, signaling and nucleolytic processing of DNA double-strand breaks (DSBs). To clarify how human MRN binds generic and telomeric DNA ends and can separate DNA end sensing from nuclease activities, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human MRN bound to DNA and to DNA and the telomere protection factor TRF2. MRN senses DSBs through a tight clamp-like sensing state with closed coiled-coil domains, but auto-inhibited MRE11 nuclease. NBS1 wraps around the MRE11 dimer, with NBS1's ATM recruitment motif sequestered by binding to the regulatory RAD50 S site, necessitating a switch in the NBS1 C helix for ATM activation. At telomeric DNA, TRF2 blocks the second S site via the iDDR motif to prevent nuclease and ATM activation. Our results provide a structural framework for DNA sensing via a gating mechanism and separation of sensing, signaling and processing activities of mammalian MRN.
リンクNat Commun / PubMed:40968163 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 3.11 Å
構造データ

52959

9q9h

EMDB-52959, PDB-9q9h:
Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 complex bound to DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

52960

9q9i

EMDB-52960, PDB-9q9i:
Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

52961

9q9j

EMDB-52961, PDB-9q9j:
Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

52962

9q9k

EMDB-52962, PDB-9q9k:
Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 (MR) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

52964

9q9m

EMDB-52964, PDB-9q9m:
Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

EMDB-54397: Cryo-EM map of human MRE11-RAD50-NBS1 complex bound to ATPgammaS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / Mre11-Rad50-DNA complex / double-strand DNA break repair / nuclease / Mre11-Rad50-Nbs1 complex / double-strand DNA break repair protein / Mre11-Rad50-TRF2 complex / Mre11-Rad50-Nbs1-TRF2 complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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