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Structure paper

タイトルSystematic metabolite screening identifies functional regulators of the adenosine A2A receptor.
ジャーナル・号・ページCommun Chem, Vol. 9, Issue 1, Page 19, Year 2025
掲載日2025年12月9日
著者Prashant Rao / Manoj Rathinaswamy / Michelle Chan / Andrea Guzmán Paredes / Chirag Patel / Bernd J Wranik / Jonathan Powell / Dan Eaton / Jared Rutter / Kevin G Hicks / Amirhossein Mafi / Qi Hao /
PubMed 要旨The adenosine A2A receptor (A2AR) is a Class A G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates inflammation, glucose metabolism, and energy homeostasis in metabolically active tissues. While the ...The adenosine A2A receptor (A2AR) is a Class A G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates inflammation, glucose metabolism, and energy homeostasis in metabolically active tissues. While the effects of small-molecule ligands and protein interactions with A2AR have been extensively studied, the regulatory influence of endogenous metabolites remains unexplored. To address this gap, we employed the Mass spectrometry Integrated with equilibrium Dialysis for the discovery of Allostery Systematically (MIDAS) platform to screen a library of human metabolites for interactions with A2AR. This approach identified 180 metabolites that interact with A2AR, including allosteric and orthosteric modulators. We characterized the mechanisms of three metabolites previously unreported to interact with A2AR: prostaglandin D2, an allosteric antagonist that fully inhibits receptor signaling, and two orthosteric agonists, S-adenosyl-L-homocysteine and 2'-deoxyadenosine, that fully activate A2AR. Overall, these findings highlight the potential of the MIDAS platform to uncover previously unrecognized metabolite-GPCR interactions for research and therapeutic applications.
リンクCommun Chem / PubMed:41366530 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.15 - 3.34 Å
構造データ

71130

9p1s

EMDB-71130: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2
PDB-9p1s: A2AR-BRIL in complex with ZM241385 and PGD2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

71131

9p1t

EMDB-71131, PDB-9p1t:
A2AR-BRIL in complex with ZM241385
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

化合物

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

ChemComp-ZMA:
4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385 / アンタゴニスト*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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