[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural insights into coffee bitter taste perception by TAS2R43 receptor.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 33, Issue 4, Page 701-710, Year 2026
掲載日2026年4月20日
著者Yoojoong Kim / Ryan H Gumpper / Yuxuan Zhuang / Ron O Dror / Bryan L Roth /
PubMed 要旨Bitter taste functions as a means of both protection against potentially toxic compounds and savoring bitter tasting foods and beverages. Among the 26 bitter taste receptors, taste receptor type 2 ...Bitter taste functions as a means of both protection against potentially toxic compounds and savoring bitter tasting foods and beverages. Among the 26 bitter taste receptors, taste receptor type 2 member 43 (TAS2R43) has been identified as key for recognizing the bitter taste of coffee. TAS2R43 has also been implicated in many other physiological processes, including the regulation of glucagon-like peptide 1 release from the intestine, bronchodilation, innate immunity and metabolism. Here we report cryo-electron microscopy structures of human TAS2R43 coupled with inhibitory G protein or gustducin (G) stabilized by the potent nephrotoxin and carcinogen aristolochic acid I. Both structures revealed that aristolochic acid I binds in a presumed orthosteric pocket shared with other bitter taste receptor. Further structural, functional and computational studies revealed potential modes for coffee's constituents including caffeine and cafestol, which are bitter tastants from coffee. Lastly, long-timescale molecular dynamics simulations identified potential cryptic allosteric pockets in TAS2R43. These structures could accelerate the search for specific bitter taste ligands that ultimately may be therapeutically useful.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:42009777 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.2 Å
構造データ

70964

9oxa

EMDB-70964, PDB-9oxa:
CryoEM structure of Gi-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

70965

9oxb

EMDB-70965, PDB-9oxb:
CryoEM structure of Ggust-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-71038: Consensus map for Gi-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-71040: Local map of GPCR region of Gi-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-71041: Local map of Gi region for Gi-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-71043: Consensus map of Ggust-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-71044: Local map of GPCR region of Ggust-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-71046: Local map of Ggust region of Ggust-coupled TAS2R43 with aristolochic acid I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-GOQ:
8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る