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Structure paper

タイトルStructural analysis of a Gram-positive type VII ABC transporter induced by cell wall-targeting antibiotics.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 1, Page 145-156.e4, Year 2026
掲載日2026年1月8日
著者Peixuan Yu / Bradon S Krah / Melanie A Orlando / Sundharraman Subramanian / Benjamin J Orlando /
PubMed 要旨Bacteria utilize a variety of mechanisms to remodel the cell wall in response to environmental and antimicrobial stress. In the model organism Bacillus subtilis, the ytr operon encoding putative ATP- ...Bacteria utilize a variety of mechanisms to remodel the cell wall in response to environmental and antimicrobial stress. In the model organism Bacillus subtilis, the ytr operon encoding putative ATP-binding cassette (ABC) transporter(s) is highly upregulated in response to cell wall-targeting antibiotics. Here we show that the ytr operon encodes two distinct ABC transporters: YtrBCD and YtrEF. Using cryo-electron microscopy(cryo-EM), we determined the structures of YtrEF in nucleotide-free and ADP-vanadate bound states. The structures demonstrate that YtrEF adopts a type VII ABC transporter fold. Nucleotide binding induced conformational changes that propagate from the cytosolic region through the transmembrane helices to ultimately reorient the extracellular domains. Extended bacterial growth assays and suppressor mutation identification indicated that YtrEF contributes to alteration of colony morphology. These findings establish YtrEF as a type VII ABC transporter that is induced by cell wall-targeting antibiotics and a new avenue to phenotypically assess the ytr operon.
リンクStructure / PubMed:41161309
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.4 Å
構造データ

70265

9o9x

EMDB-70265, PDB-9o9x:
ytrEF nucleotide-free conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

70266

9o9y

EMDB-70266, PDB-9o9y:
Bacillus ytrEF vanadate trapped conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-VO4:
VANADATE ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

由来
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC Transporter / transporter / vanadate / ATP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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