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Structure paper

タイトルSupercoiled DNA recognition and cleavage control in topoisomerase VI.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年2月16日
著者Daniel E Richman / Timothy J Wendorff / Fahad Rashid / Curtis Beck / Qianyun Yan / Haley R Johnson / Ryan A Eckerty / Jonathan M Fogg / Matthew L Baker / Lynn Zechiedrich / James M Berger /
PubMed 要旨Type II topoisomerases modulate DNA supercoiling and resolve chromosome entanglements. Type IIB topoisomerases, exemplified by DNA topoisomerase VI (Top6), are used by plants and archaea to support ...Type II topoisomerases modulate DNA supercoiling and resolve chromosome entanglements. Type IIB topoisomerases, exemplified by DNA topoisomerase VI (Top6), are used by plants and archaea to support endoreduplication and cell proliferation, respectively; homologs of Top6 further serve to initiate meiotic recombination in eukaryotes and constitute the nuclease portion of MksBEFG/Wadjet/Gabija bacterial defense systems. To understand how such factors act upon DNA, we determine structures of Top6 bound to supercoiled minicircles in cleaved and uncleaved states using single-particle electron cryo-microscopy. The structures show that Top6 binds a curved 74 bp region of the supercoiled minicircle DNA and that it cuts at a distinct deformability motif, explaining its preference for supercoiled substrates and highlighting the role of DNA plasticity in cleavage site selection. Dynamic protein-DNA interactions and an unanticipated tension sensor help recognize bent DNA and couple ATPase disposition to cleavage state activation. Our observations explain how DNA recognition and cleavage by type II topoisomerases are regulated by interdependent structural changes in DNA and the enzyme.
リンクNat Commun / PubMed:41698922
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 4.0 Å
構造データ

49972

9o0g

EMDB-49972, PDB-9o0g:
CryoEM structure of M. mazei topoisomerase VI(A-E342Q)-minicircle DNA complex in cleavage state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

70206

9o7o

EMDB-70206, PDB-9o7o:
CryoEM structure of M. mazei topoisomerase VI(A-E342Q)-minicircle DNA complex in asymmetric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

70232

9o8p

EMDB-70232, PDB-9o8p:
CryoEM structure of M. mazei topoisomerase VI-minicircle DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

70239

9o8z

EMDB-70239, PDB-9o8z:
CryoEM structure of M. mazei topoisomerase VI-minicircle DNA complex in partially unfolded transducer state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

70259

9o9m

EMDB-70259, PDB-9o9m:
CryoEM structure of M. mazei topoisomerase VI-minicircle DNA complex in asymmetric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • methanosarcina mazei go1 (古細菌)
  • unidentified (未定義)
キーワードISOMERASE/DNA / TOPRIM / GHKL / minicircle DNA / Spo11 / ISOMERASE-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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