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タイトルStructure-guided protein engineering and immobilization of an amidohydrolase for efficient ochratoxin A detoxification.
ジャーナル・号・ページInt J Biol Macromol, Vol. 358, Page 151671, Year 2026
掲載日2026年3月26日
著者Yumei Hu / Yuhang Xu / Biyu He / Du Niu / Xuechun Yang / Jiaping Huang / Zhenzhen Xie / Panpan Shen / Xian Li / Maosen Bai / Ziwei Liu / Hao Li / Yunyun Yang / Jian-Wen Huang / Chun-Chi Chen / Rey-Ting Guo / Longhai Dai /
PubMed 要旨Ochratoxin A (OTA) is a pervasive and significant mycotoxin that poses serious health risks to humans and animals. The development of efficient biocatalysts for the enzymatic detoxification of OTA is ...Ochratoxin A (OTA) is a pervasive and significant mycotoxin that poses serious health risks to humans and animals. The development of efficient biocatalysts for the enzymatic detoxification of OTA is of great importance. In this study, we enhanced the OTA-degrading activity of three amidohydrolases (ADHs) by up to ninefold. This improvement was achieved by reducing steric hindrance in the binding pocket and fine-tuning the hydrophilic interactions between the enzyme and substrate. The most efficient variant, PwADH/DM, was immobilized onto magnetic FeO nanoparticles functionalized by the co-deposition of dopamine and polyethyleneimine. Under optimal conditions, this immobilization process achieved a high immobilization efficiency (85.4%) and activity recovery (76.9%). The immobilized enzyme exhibited enhanced pH stability and thermostability, along with good storage stability, reusability, and recyclability. More importantly, the immobilized enzyme completely degraded 100 ng/mL OTA in contaminated milk without affecting the milk's properties. These findings expand our understanding of the molecular mechanisms governing substrate binding and catalysis in OTA-degrading ADHs. Furthermore, they provide a blueprint for enzyme-based OTA decontamination during food processing.
リンクInt J Biol Macromol / PubMed:41903634
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 2.9 Å
構造データ

62778

9l2o

EMDB-62778, PDB-9l2o:
Cryo-EM structure and rational engineering of a novel efficient ochratoxin A-detoxifying amidohydrolase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

62780

9l2t

EMDB-62780, PDB-9l2t:
Cryo-electron microscopic structure of a novel amidohydrolase with three mutations
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

62782

9l36

EMDB-62782, PDB-9l36:
Cryo-electron microscopic structure of a novel amidohydrolase ADH3 triple mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

62861

9l6p

EMDB-62861, PDB-9l6p:
Cryo-electron microscopic structure of a highly efficient ochratoxin detoxification enzyme LlADH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-97U:
(2~{S})-2-[[(3~{R})-5-chloranyl-3-methyl-8-oxidanyl-1-oxidanylidene-3,4-dihydroisochromen-7-yl]carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid / toxin*YM

由来
  • pseudoxanthomonas wuyuanensis (バクテリア)
  • novilysobacter luteus (バクテリア)
  • Stenotrophomonas sp. CW117Stenotrophomonas sp. CW117 (バクテリア)
  • stenotrophomonas sp. cw117 (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / amide hydrolase / Iron-binding / Ochratoxin A / ZN / TOXIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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