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万見
- PDB-9l6p: Cryo-electron microscopic structure of a highly efficient ochrato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l6p
タイトルCryo-electron microscopic structure of a highly efficient ochratoxin detoxification enzyme LlADH
要素LlADH-WT
キーワードHYDROLASE / amide hydrolase / Iron-binding / Ochratoxin A / ZN / TOXIN
生物種Novilysobacter luteus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dai, L.H. / Xu, Y.H. / Hu, Y.M. / Niu, D. / He, B.Y. / Huang, J.P. / Xie, Z.Z. / Li, H. / Guo, R.-T. / Chen, C.-C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2026
タイトル: Structure-guided protein engineering and immobilization of an amidohydrolase for efficient ochratoxin A detoxification.
著者: Yumei Hu / Yuhang Xu / Biyu He / Du Niu / Xuechun Yang / Jiaping Huang / Zhenzhen Xie / Panpan Shen / Xian Li / Maosen Bai / Ziwei Liu / Hao Li / Yunyun Yang / Jian-Wen Huang / Chun-Chi Chen ...著者: Yumei Hu / Yuhang Xu / Biyu He / Du Niu / Xuechun Yang / Jiaping Huang / Zhenzhen Xie / Panpan Shen / Xian Li / Maosen Bai / Ziwei Liu / Hao Li / Yunyun Yang / Jian-Wen Huang / Chun-Chi Chen / Rey-Ting Guo / Longhai Dai /
要旨: Ochratoxin A (OTA) is a pervasive and significant mycotoxin that poses serious health risks to humans and animals. The development of efficient biocatalysts for the enzymatic detoxification of OTA is ...Ochratoxin A (OTA) is a pervasive and significant mycotoxin that poses serious health risks to humans and animals. The development of efficient biocatalysts for the enzymatic detoxification of OTA is of great importance. In this study, we enhanced the OTA-degrading activity of three amidohydrolases (ADHs) by up to ninefold. This improvement was achieved by reducing steric hindrance in the binding pocket and fine-tuning the hydrophilic interactions between the enzyme and substrate. The most efficient variant, PwADH/DM, was immobilized onto magnetic FeO nanoparticles functionalized by the co-deposition of dopamine and polyethyleneimine. Under optimal conditions, this immobilization process achieved a high immobilization efficiency (85.4%) and activity recovery (76.9%). The immobilized enzyme exhibited enhanced pH stability and thermostability, along with good storage stability, reusability, and recyclability. More importantly, the immobilized enzyme completely degraded 100 ng/mL OTA in contaminated milk without affecting the milk's properties. These findings expand our understanding of the molecular mechanisms governing substrate binding and catalysis in OTA-degrading ADHs. Furthermore, they provide a blueprint for enzyme-based OTA decontamination during food processing.
履歴
登録2024年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LlADH-WT
B: LlADH-WT
C: LlADH-WT
D: LlADH-WT
E: LlADH-WT
F: LlADH-WT
G: LlADH-WT
H: LlADH-WT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,47724
ポリマ－356,4318
非ポリマー1,04716
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
LlADH-WT


分子量: 44553.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novilysobacter luteus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LL-WT / タイプ: COMPLEX / 詳細: amidohydrolase family protein / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Novilysobacter luteus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCL,pH 8.0
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI MORGAGNI
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125111 / クラス平均像の数: 30 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 2.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023015
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4044098
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.589440
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042457
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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