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Structure paper

タイトルStructural mechanism of insulin receptor activation by a dimeric aptamer agonist.
ジャーナル・号・ページExp Mol Med, Year 2025
掲載日2025年7月2日
著者Junhong Kim / Hyeonjin Na / Si-Young Choi / Eun Ju Oh / Hyunsook Lee / Sung Ho Ryu / Na-Oh Yunn / Yunje Cho /
PubMed 要旨Insulin binding to the insulin receptor (IR) triggers signaling pathways that regulate glucose uptake and cell growth. In previous work, we identified a DNA aptamer, A62, which partially activates ...Insulin binding to the insulin receptor (IR) triggers signaling pathways that regulate glucose uptake and cell growth. In previous work, we identified a DNA aptamer, A62, which partially activates the IR. During engineering aptamers for improved in vivo stability, we discovered that crosslinking two A62 aptamers with linkers of varying lengths led to full phosphorylation of the IR, although activation remained selective to the AKT pathway. Here, to elucidate the mechanism behind this aptamer-induced full activation of the IR, we determined the structure of the IR in complex with a dimeric form of A62 (A62D) linked by an eight-nucleotide connector. We identified three distinct conformations of the IR: arrowhead-shaped, pseudo-arrowhead-shaped and pseudo-gamma-shaped. The pseudo-gamma-shaped conformation closely resembles the structure of a fully active IR bound by a single insulin molecule. In these configurations, only one A62 monomer (A62M) within the A62D dimer binds to the IR dimer. This binding brings the IR monomers into close proximity, promoting intermolecular trans-phosphorylation. Our findings provide valuable structural insights for the development of novel therapeutic strategies targeting the IR.
リンクExp Mol Med / PubMed:40603733
手法EM (単粒子)
解像度5.02 - 9.35 Å
構造データ

61431

9jf9

EMDB-61431, PDB-9jf9:
Human insulin receptor bound with A62-dimer, Pseudo-arrowhead conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.26 Å

61432

9jfd

EMDB-61432, PDB-9jfd:
Human insulin receptor bound with A62-dimer, Pseudo-gamma conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.35 Å

61490

9jhs

EMDB-61490, PDB-9jhs:
Human insulin receptor bound with A62-dimer, arrowhead conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.02 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / signaling / aptamer / receptor tyrosine kinase / agonist / complex / diabetes

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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