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万見
- PDB-9jf9: Human insulin receptor bound with A62-dimer, Pseudo-arrowhead con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jf9
タイトルHuman insulin receptor bound with A62-dimer, Pseudo-arrowhead conformation
要素
  • Aptamer A62
  • Insulin receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / signaling / aptamer / receptor tyrosine kinase / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / insulin receptor complex / male sex determination / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin-like growth factor I binding / exocrine pancreas development / dendritic spine maintenance ...regulation of female gonad development / positive regulation of meiotic cell cycle / insulin-like growth factor II binding / positive regulation of developmental growth / insulin receptor complex / male sex determination / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin-like growth factor I binding / exocrine pancreas development / dendritic spine maintenance / cargo receptor activity / insulin binding / adrenal gland development / neuronal cell body membrane / PTB domain binding / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / positive regulation of respiratory burst / amyloid-beta clearance / regulation of embryonic development / positive regulation of receptor internalization / insulin receptor substrate binding / protein kinase activator activity / epidermis development / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / transport across blood-brain barrier / heart morphogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / dendrite membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / insulin receptor activity / receptor-mediated endocytosis / learning / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of D-glucose import / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to growth factor stimulus / receptor internalization / caveola / memory / cellular response to insulin stimulus / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / late endosome / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / amyloid-beta binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / axon / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...Insulin receptor, trans-membrane domain / Insulin receptor trans-membrane segment / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Insulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.26 Å
データ登録者Kim, J. / Na, J. / Yunn, N. / Ryu, S. / Cho, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用
ジャーナル: Exp Mol Med / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of insulin receptor activation by a dimeric aptamer agonist.
著者: Junhong Kim / Hyeonjin Na / Si-Young Choi / Eun Ju Oh / Hyunsook Lee / Sung Ho Ryu / Na-Oh Yunn / Yunje Cho /
要旨: Insulin binding to the insulin receptor (IR) triggers signaling pathways that regulate glucose uptake and cell growth. In previous work, we identified a DNA aptamer, A62, which partially activates ...Insulin binding to the insulin receptor (IR) triggers signaling pathways that regulate glucose uptake and cell growth. In previous work, we identified a DNA aptamer, A62, which partially activates the IR. During engineering aptamers for improved in vivo stability, we discovered that crosslinking two A62 aptamers with linkers of varying lengths led to full phosphorylation of the IR, although activation remained selective to the AKT pathway. Here, to elucidate the mechanism behind this aptamer-induced full activation of the IR, we determined the structure of the IR in complex with a dimeric form of A62 (A62D) linked by an eight-nucleotide connector. We identified three distinct conformations of the IR: arrowhead-shaped, pseudo-arrowhead-shaped and pseudo-gamma-shaped. The pseudo-gamma-shaped conformation closely resembles the structure of a fully active IR bound by a single insulin molecule. In these configurations, only one A62 monomer (A62M) within the A62D dimer binds to the IR dimer. This binding brings the IR monomers into close proximity, promoting intermolecular trans-phosphorylation. Our findings provide valuable structural insights for the development of novel therapeutic strategies targeting the IR.
#1: ジャーナル: Exp Mol Med / 年: 2025
タイトル: Structural mechanism of insulin receptor activation by a dimeric aptamer agonist.
著者: Junhong Kim / Hyeonjin Na / Si-Young Choi / Eun Ju Oh / Hyunsook Lee / Sung Ho Ryu / Na-Oh Yunn / Yunje Cho /
要旨: Insulin binding to the insulin receptor (IR) triggers signaling pathways that regulate glucose uptake and cell growth. In previous work, we identified a DNA aptamer, A62, which partially activates ...Insulin binding to the insulin receptor (IR) triggers signaling pathways that regulate glucose uptake and cell growth. In previous work, we identified a DNA aptamer, A62, which partially activates the IR. During engineering aptamers for improved in vivo stability, we discovered that crosslinking two A62 aptamers with linkers of varying lengths led to full phosphorylation of the IR, although activation remained selective to the AKT pathway. Here, to elucidate the mechanism behind this aptamer-induced full activation of the IR, we determined the structure of the IR in complex with a dimeric form of A62 (A62D) linked by an eight-nucleotide connector. We identified three distinct conformations of the IR: arrowhead-shaped, pseudo-arrowhead-shaped and pseudo-gamma-shaped. The pseudo-gamma-shaped conformation closely resembles the structure of a fully active IR bound by a single insulin molecule. In these configurations, only one A62 monomer (A62M) within the A62D dimer binds to the IR dimer. This binding brings the IR monomers into close proximity, promoting intermolecular trans-phosphorylation. Our findings provide valuable structural insights for the development of novel therapeutic strategies targeting the IR.
履歴
登録2024年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin receptor
B: Insulin receptor
C: Aptamer A62
D: Aptamer A62


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,6794
ポリマ－226,6794
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Insulin receptor / IR


分子量: 104812.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06213, receptor protein-tyrosine kinase
#2: DNA鎖 Aptamer A62


分子量: 8526.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human insulin receptor with A62D aptamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Topaz粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 6.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86854 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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