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タイトルStructure of a distinct β-barrel assembly machinery complex in the Bacteroidota.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 10, Issue 11, Page 2845-2859, Year 2025
掲載日2025年10月1日
著者Augustinas Silale / Mariusz Madej / Katarzyna Mikruta / Andrew M Frey / Adam J Hart / Arnaud Baslé / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Matthias Trost / Robert P Hirt / Bert van den Berg /
PubMed 要旨The Gram-negative β-barrel assembly machinery (BAM) complex catalyses the folding and membrane insertion of newly synthesized β-barrel outer membrane proteins. The BAM is structurally conserved, ...The Gram-negative β-barrel assembly machinery (BAM) complex catalyses the folding and membrane insertion of newly synthesized β-barrel outer membrane proteins. The BAM is structurally conserved, but most studies have focused on Gammaproteobacteria. Here, using single-particle cryogenic electron microscopy, quantitative proteomics and functional assays, we show that the BAM complex is distinct within the Bacteroidota. Cryogenic electron microscopy structures of BAM complexes from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron (3.3 Å) and the human oral pathogen Porphyromonas gingivalis (3.2 Å) show similar, seven-component complexes of ~325 kDa. The complexes are mostly extracellular and comprise canonical BamA and BamD; an integral, essential outer membrane protein, BamG, that associates with BamA; and four surface-exposed lipoproteins: BamH-K. Absent from the BAM in Pseudomonadota, BamG-K form a large, extracellular dome that may confer additional functionality to enable the folding and assembly of β-barrel-surface-exposed lipoprotein complexes that are a hallmark of the Bacteroidota. Our findings develop our understanding of fundamental biological processes in an important bacterial phylum.
リンクNat Microbiol / PubMed:41034344 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.24 - 4.26 Å
構造データ

52200

9his

EMDB-52200, PDB-9his:
Extracellular components BamHIJK of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM machinery
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

52202

9hiv

EMDB-52202, PDB-9hiv:
BamADG components of the Bacteroides thetaiotaomicron BAM machinery
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

52209

9hj3

EMDB-52209, PDB-9hj3:
Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

52218

9hjm

EMDB-52218, PDB-9hjm:
Porphyromonas gingivalis BAM complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-52219: Porphyromonas gingivalis BAM complex with periplasmic density
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.26 Å

化合物

ChemComp-TDA:
N-TRIDECANOIC ACID / トリデカン酸

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / 1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-ル

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482 (バクテリア)
  • porphyromonas gingivalis atcc 33277 (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipoproteins / Outer membrane protein biogenesis / Beta-barrel assembly machinery / BAM / Outer membrane biogenesis / Gram-negative bacteria

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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