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タイトルMechanistic understanding of UvrA damage detection and lesion hand-off to UvrB in Nucleotide Excision Repair.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3416, Year 2025
掲載日2025年4月10日
著者Marianna Genta / Giulia Ferrara / Riccardo Capelli / Diego Rondelli / Sarah Sertic / Martino Bolognesi / Menico Rizzi / Franca Rossi / David Jeruzalmi / Antonio Chaves-Sanjuan / Riccardo Miggiano /
PubMed 要旨Nucleotide excision repair (NER) represents one of the major molecular machineries that control chromosome stability in all living species. In Eubacteria, the initial stages of the repair process are ...Nucleotide excision repair (NER) represents one of the major molecular machineries that control chromosome stability in all living species. In Eubacteria, the initial stages of the repair process are carried out by the UvrABC excinuclease complex. Despite the wealth of structural data available, some crucial details of the pathway remain elusive. In this study, we present a structural investigation of the Mycobacterium tuberculosis UvrAUvrB complex and of the UvrA dimer, both in complex with damaged DNA. Our analyses yield insights into the DNA binding mode of UvrA, showing an unexplored conformation of Insertion Domains (IDs), underlying the essential role of these domains in DNA coordination. Furthermore, we observe an interplay between the ID and the UvrB Binding Domain (UBD): after the recognition of the damage, the IDs repositions with the concomitant reorganization of UBD, allowing the formation of the complex between UvrA and UvrB. These events are detected along the formation of the uncharacterized UvrAUvrB-DNA and the UvrAUvrB-DNA complexes which we interpret as hierarchical steps initiating the DNA repair cascade in the NER pathway, resulting in the formation of the pre-incision complex.
リンクNat Commun / PubMed:40210888 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.9 Å
構造データ

EMDB-51168: MtUvrA2 bound to endogenous E. coli DNA at low resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

51169

9ga2

EMDB-51169, PDB-9ga2:
MtUvrA2 dimer empty
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

51170

9ga3

EMDB-51170, PDB-9ga3:
MtUvrA2UvrB bound to damaged oligonucleotide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-51171: MtUvrA2UvrB2 bound to damaged oligonucleotide (half 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-51172: MtUvrA2UvrB2 bound to damaged oligonucleotide (half 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

51173

9ga4

EMDB-51173: Composite map of MtUvrA2UvrB2-DNA
PDB-9ga4: MtUvrA2UvrB2 bound to damaged oligonucleotide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

51174

9ga5

EMDB-51174, PDB-9ga5:
MtUvrA2 bound to endogenous E. coli DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-51220: Consensus map of MtUvrA2UvrB2-DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / NER / UVRA / UVRB / UVR / MTB

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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