[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure, assembly and inhibition of the Toxoplasma gondii respiratory chain supercomplex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2025
掲載日2025年5月19日
著者Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone Doggett / Lilach Sheiner / Alexander Mühleip /
PubMed 要旨The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an ...The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an apicomplexan III-IV supercomplex and of the drug target complex III. The supercomplex structure reveals how clade-specific subunits form an apicomplexan-conserved III-IV interface with a unique, kinked architecture, suggesting that supercomplexes evolved independently in different eukaryotic lineages. A knockout resulting in supercomplex disassembly challenges the proposed role of III-IV in electron transfer efficiency as suggested for mammals. Nevertheless, knockout analysis indicates that III-IV is critical for parasite fitness. The complexes from the model parasite Toxoplasma gondii were inhibited with the antimalarial atovaquone, revealing interactions underpinning species specificity. They were also inhibited with endochin-like quinolone (ELQ)-300, an inhibitor in late-stage preclinical development. Notably, in the apicomplexan binding site, ELQ-300 is flipped compared with related compounds in the mammalian enzyme. On the basis of the binding modes and parasite-specific interactions discovered, we designed more potent ELQs with subnanomolar activity against T. gondii. Our findings reveal critical evolutionary differences in the role of supercomplexes in mitochondrial biology and provide insight into cytochrome b inhibition, informing future drug discovery.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40389671
手法EM (単粒子)
解像度1.8 - 2.67 Å
構造データ

51157

9g9t

EMDB-51157, PDB-9g9t:
Cryo-EM structure of the Toxoplasma gondii respiratory chain complex III inhibited by ELQ-300
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.8 Å

51939

9h8t

EMDB-51939, PDB-9h8t:
Cryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from the Chlorocebus sabaeus respirasome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

PDB-1ijd:
Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-AOQ:
2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / アトバコン / 薬剤, Antimicrobial*YM

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

ChemComp-AFI:
2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE

由来
  • toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
  • chlorocebus sabaeus (オナガザル)
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome bc1 complex / complex III / respiratory chain / respirasome / mitochondria / green african monkey / atovaquone

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る