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Structure paper

タイトルPeripheral membrane protein endophilin B1 probes, perturbs and permeabilizes lipid bilayers.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 182, Year 2025
掲載日2025年2月5日
著者Arni Thorlacius / Maksim Rulev / Oscar Sundberg / Anna Sundborger-Lunna /
PubMed 要旨Bin/Amphiphysin/Rvs167 (BAR) domain containing proteins are peripheral membrane proteins that regulate intracellular membrane curvature. BAR protein endophilin B1 plays a key role in multiple ...Bin/Amphiphysin/Rvs167 (BAR) domain containing proteins are peripheral membrane proteins that regulate intracellular membrane curvature. BAR protein endophilin B1 plays a key role in multiple cellular processes critical for oncogenesis, including autophagy and apoptosis. Amphipathic regions in endophilin B1 drive membrane association and tubulation through membrane scaffolding. Our understanding of exactly how BAR proteins like endophilin B1 promote highly diverse intracellular membrane remodeling events in the cell is severely limited due to lack of high-resolution structural information. Here we present the highest resolution cryo-EM structure of a BAR protein to date and the first structures of a BAR protein bound to a lipid bicelle. Using neural networks, we can effectively sort particle species of different stoichiometries, revealing the tremendous flexibility of post-membrane binding, pre-polymer BAR dimer organization and membrane deformation. We also show that endophilin B1 efficiently permeabilizes negatively charged liposomes that contain mitochondria-specific lipid cardiolipin and propose a new model for Bax-mediated cell death.
リンクCommun Biol / PubMed:39910321 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.45 - 3.88 Å
構造データ

50981

9g2r

EMDB-50981, PDB-9g2r:
Endophilin B1 dimers bound to nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

50984

9g2u

EMDB-50984, PDB-9g2u:
Endophilin B1 dimer bound to nanodisc center
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

50986

9g2w

EMDB-50986, PDB-9g2w:
Endophilin B1 dimer bound to nanodisc edge
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードAPOPTOSIS / BAR / N-BAR / endophilin / membrane / curvature / cardiolipin / MSP2N2 / nanodisc / peripheral membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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