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Structure paper

タイトルDiverse mechanisms of translation arrest by a Clostridia ribosome stalling peptide CliM.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年5月18日
著者Mayu Yoshida / Felix Gersteuer / Ole Berendes / Keigo Fujiwara / Haaris A Safdari / Helge Paternoga / Hiraku Takada / Nozomu Obana / Helmut Grubmüller / Lars V Bock / Daniel N Wilson / Shinobu Chiba /
PubMed 要旨Ribosome arrest peptides undergo programmed translational stalling in response to changes in the cellular environment to feedback-regulate gene expression. CliM, an arrest peptide in Clostridia, is ...Ribosome arrest peptides undergo programmed translational stalling in response to changes in the cellular environment to feedback-regulate gene expression. CliM, an arrest peptide in Clostridia, is encoded upstream of the YidC membrane protein insertase gene, but its function and mechanism remain unclear. Here we show that CliM monitors YidC activity to maintain adequate cellular YidC capacity. Interestingly, Clostridium kluyveri CliM induces elongation arrest at multiple sense codons, whereas Clostridioides difficile CliM causes termination arrest. Cryo-EM-based structural and mutational analyses demonstrate that C. difficile CliM adopts multiple α-helices within the nascent polypeptide exit tunnel, where it forms extensive arrest-essential interactions with the ribosome. The residue immediately N-terminal to the stalling site contributes to arrest by sterically interfering with full accommodation of the release factor or aminoacyl-tRNA in the A-site. Molecular dynamics simulations suggest that membrane insertion of CliM induces sequential unwinding of these α-helical structures and relocation of the penultimate residue, thereby triggering arrest release. These findings provide a unified mechanistic framework that explains the distinct arrest behaviors of CliM homologs.
リンクNat Commun / PubMed:42151144 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 2.8 Å
構造データ

50855

9fy1

EMDB-50855, PDB-9fy1:
Structure of CliM-stalled Bacillus subtilis 70S ribosome with release factor bound in the A-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

50856

9fy2

EMDB-50856, PDB-9fy2:
Structure of CliM-stalled Bacillus subtilis 70S ribosome with empty A-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

50858

9fy3

EMDB-50858, PDB-9fy3:
Structure of CliM-stalled Bacillus subtilis 70S ribosome with tRNA-Tyr in the A-site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
  • clostridioides difficile 630 (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / Arrest peptide / Stalled ribosome complex / Bacillus subtilis / ApcF

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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