[日本語] English
万見
- PDB-9fy3: Structure of CliM-stalled Bacillus subtilis 70S ribosome with tRN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fy3
タイトルStructure of CliM-stalled Bacillus subtilis 70S ribosome with tRNA-Tyr in the A-site
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 14
  • (50S ribosomal protein ...) x 19
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 8
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 5
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • A-site tRNA-Tyr
  • Nascent Chain CliM
  • P-site tRNA-Phe
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Arrest peptide / Stalled ribosome complex / Bacillus subtilis / ApcF
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. ...: / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / : / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gersteuer, F. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Diverse mechanisms of translation arrest by a Clostridia ribosome stalling peptide CliM.
著者: Mayu Yoshida / Felix Gersteuer / Ole Berendes / Keigo Fujiwara / Haaris A Safdari / Helge Paternoga / Hiraku Takada / Nozomu Obana / Helmut Grubmüller / Lars V Bock / Daniel N Wilson / Shinobu Chiba /
要旨: Ribosome arrest peptides undergo programmed translational stalling in response to changes in the cellular environment to feedback-regulate gene expression. CliM, an arrest peptide in Clostridia, is ...Ribosome arrest peptides undergo programmed translational stalling in response to changes in the cellular environment to feedback-regulate gene expression. CliM, an arrest peptide in Clostridia, is encoded upstream of the YidC membrane protein insertase gene, but its function and mechanism remain unclear. Here we show that CliM monitors YidC activity to maintain adequate cellular YidC capacity. Interestingly, Clostridium kluyveri CliM induces elongation arrest at multiple sense codons, whereas Clostridioides difficile CliM causes termination arrest. Cryo-EM-based structural and mutational analyses demonstrate that C. difficile CliM adopts multiple α-helices within the nascent polypeptide exit tunnel, where it forms extensive arrest-essential interactions with the ribosome. The residue immediately N-terminal to the stalling site contributes to arrest by sterically interfering with full accommodation of the release factor or aminoacyl-tRNA in the A-site. Molecular dynamics simulations suggest that membrane insertion of CliM induces sequential unwinding of these α-helical structures and relocation of the penultimate residue, thereby triggering arrest release. These findings provide a unified mechanistic framework that explains the distinct arrest behaviors of CliM homologs.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年5月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年5月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: Large ribosomal subunit protein bL32
1: 50S ribosomal protein L33 1
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
5: Nascent Chain CliM
6: 50S ribosomal protein L31
B: 5S rRNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: 50S ribosomal protein L24
X: Large ribosomal subunit protein bL28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: Large ribosomal subunit protein uL30
c: Small ribosomal subunit protein uS3
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: Small ribosomal subunit protein uS7
h: 30S ribosomal protein S8
i: Small ribosomal subunit protein uS9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: Small ribosomal subunit protein uS12
m: Small ribosomal subunit protein uS13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S20
v: P-site tRNA-Phe
A: 23S rRNA
b: 30S ribosomal protein S2
s: 30S ribosomal protein S19
7: mRNA
9: A-site tRNA-Tyr
a: 16S rRNA
W: Large ribosomal subunit protein bL27
d: 30S ribosomal protein S4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,167,43757
ポリマ－2,167,17553
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Large ribosomal subunit protein ... , 8種, 8分子 0CGQTXZW

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6713.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34687
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2 / BL2


分子量: 30321.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42919
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46898
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13669.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55873
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42924
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 6812.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P37807
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19947
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05657

-
50S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 12346DEFJKLMNOPRSUY

#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5915.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P56849
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05647
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7581.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55874
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / BL38 / Ribosomal protein B / Ribosomal protein II


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20278
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7458.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: Q03223
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / BL3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42920
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42921
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / BL6


分子量: 20177.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12877
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P70974
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12875
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19946
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16223.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P14577
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / BL15 / BL21


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20277
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46899
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O31742
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / BL20


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P26908
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42060
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 12 kDa DNA-binding protein / BL23 / HPB12


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P0CI78
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12873

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 BvA79a

#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 36157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1150402534
#45: RNA鎖 P-site tRNA-Phe


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#46: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 949683.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#49: RNA鎖 mRNA


分子量: 2818.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
#50: RNA鎖 A-site tRNA-Tyr


分子量: 27359.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#51: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 503369.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 225184640

-
Small ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 cgilm

#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3 / BS3 / BS2


分子量: 24378.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21465
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21469
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9 / BS10


分子量: 14369.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21470
#37: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12 / BS12


分子量: 15222.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21472
#38: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13 / BS14


分子量: 13832.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20282

-
30S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 efhjknopqrtbsd

#30: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / BS5


分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21467
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / BS9


分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21468
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / BS8


分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12879
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / BS13


分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21471
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / BS11


分子量: 13952.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P04969
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S14-1 / BS-A


分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12878
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / BS18


分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21473
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / BS17


分子量: 10153.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21474
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / BS16


分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12874
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / BS21


分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21475
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / BS20


分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21477
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / BS1 / Vegetative protein 209 / VEG209


分子量: 28009.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21464
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / BS19


分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21476
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / BS4


分子量: 22874.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21466

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 5分子 5

#54: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: タンパク質・ペプチド Nascent Chain CliM


分子量: 4885.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
遺伝子: SAMEA3375112_02550
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: A0A9Q7T0I1

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of CliM-stalled Bacillus subtilis 70S ribosome with tRNA-Tyr in the A-siteRIBOSOME#1-#530MULTIPLE SOURCES
2Bacillus subtilis 70S ribosomeRIBOSOME#1-#5, #7-#48, #50-#531NATURAL
3Nascent Chain CliMRIBOSOME#61RECOMBINANT
4mRNARIBOSOME#491RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)224308
33Clostridioides difficile 630 (バクテリア)272563
44Clostridioides difficile 630 (バクテリア)272563
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
33Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)224308
44synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 1.14 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0415 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47146 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.8→277.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / SU B: 13.517 / SU ML: 0.243 / ESU R: 0.252
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.25793 --
obs0.25793 1695696 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 92.153 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 139158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.011151381
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01887665
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7391.797226770
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6261.624207158
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.8455292
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg8.4725482
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.625108356
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.070.228999
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0110.02104945
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0227084
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it8.1769.7821312
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other8.1759.7821312
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it13.21417.61326556
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other13.21417.61326557
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.2619.054130069
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other8.2619.054130070
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other13.52416.397200215
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined18.54696.99195011
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other18.54696.99195012
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.554 125554 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る