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Structure paper

タイトルStructural basis for GTPase activity and conformational changes of the bacterial dynamin-like protein SynDLP.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 43, Issue 9, Page 114657, Year 2024
掲載日2024年9月24日
著者Benedikt Junglas / Lucas Gewehr / Lara Mernberger / Philipp Schönnenbeck / Ruven Jilly / Nadja Hellmann / Dirk Schneider / Carsten Sachse /
PubMed 要旨SynDLP, a dynamin-like protein (DLP) encoded in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803, has recently been identified to be structurally highly similar to eukaryotic dynamins. To elucidate ...SynDLP, a dynamin-like protein (DLP) encoded in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803, has recently been identified to be structurally highly similar to eukaryotic dynamins. To elucidate structural changes during guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis, we solved the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of oligomeric full-length SynDLP after addition of guanosine diphosphate (GDP) at 4.1 Å and GTP at 3.6-Å resolution as well as a GMPPNP-bound dimer structure of a minimal G-domain construct of SynDLP at 3.8-Å resolution. In comparison with what has been seen in the previously resolved apo structure, we found that the G-domain is tilted upward relative to the stalk upon GTP hydrolysis and that the G-domain dimerizes via an additional extended dimerization domain not present in canonical G-domains. When incubated with lipid vesicles, we observed formation of irregular tubular SynDLP assemblies that interact with negatively charged lipids. Here, we provide the structural framework of a series of different functional SynDLP assembly states during GTP turnover.
リンクCell Rep / PubMed:39207903
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.1 Å
構造データ

19812

9em7

EMDB-19812, PDB-9em7:
Oligomeric structure of SynDLP in presence of GTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

19813

9em8

EMDB-19813, PDB-9em8:
Oligomeric structure of SynDLP in presence of GDP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

19814

9em9

EMDB-19814, PDB-9em9:
Structure of SynDLP MGD with GMPPNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

化合物

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BDLP / cyanobacteria / membrane remodeling / GTPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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