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タイトルMechanism of beta-arrestin 1 mediated Src activation via Src SH3 domain revealed by cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年9月27日
著者Natalia Pakharukova / Brittany N Thomas / Harsh Bansia / Linus Li / Dana K Bassford / Rinat R Abzalimov / Jihee Kim / Alem W Kahsai / Biswaranjan Pani / Kunhong Xiao / Roni Ochakovski / Shibo Liu / Xingdong Zhang / Seungkirl Ahn / Amedee des Georges / Robert J Lefkowitz /
PubMed 要旨Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we report ...Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we report the first structural insights into the fundamental mechanisms driving βarr-mediated signal transduction. Using cryo-electron microscopy, we elucidate how βarr1 recruits and activates the non-receptor tyrosine kinase Src, the first identified signaling partner of βarrs. βarr1 engages Src SH3 through two distinct sites, each employing a different recognition mechanism: a polyproline motif in the N-domain and a non-proline-based interaction in the central crest region. At both sites βarr1 interacts with the aromatic surface of SH3, disrupting the autoinhibited conformation of Src and directly triggering its allosteric activation. This structural evidence establishes βarr1 as an active regulatory protein rather than a passive scaffold and suggests a potentially general mechanism for βarr-mediated signaling across diverse effectors.
リンクbioRxiv / PubMed:39131402 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.34 - 3.47 Å
構造データ

44881

9bt8

EMDB-44881, PDB-9bt8:
Structure of Src in complex with beta-arrestin 1 revealing SH3 binding sites
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

45977

9cx3

EMDB-45977, PDB-9cx3:
Structure of SH3 domain of Src in complex with beta-arrestin 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

45982

9cx9

EMDB-45982, PDB-9cx9:
Structure of SH3 domain of Src in complex with beta-arrestin 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • bacteriophage sp. (ファージ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR signaling / arrestin / Src / SH3 / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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