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Structure paper

タイトルStructural insight into sodium ion pathway in the bacterial flagellar stator from marine .
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 1, Page e2415713122, Year 2025
掲載日2025年1月7日
著者Tatsuro Nishikino / Norihiro Takekawa / Jun-Ichi Kishikawa / Mika Hirose / Seiji Kojima / Michio Homma / Takayuki Kato / Katsumi Imada /
PubMed 要旨Many bacteria swim in liquid or swarm on surface using the flagellum rotated by a motor driven by specific ion flow. The motor consists of the rotor and stator, and the stator converts the energy of ...Many bacteria swim in liquid or swarm on surface using the flagellum rotated by a motor driven by specific ion flow. The motor consists of the rotor and stator, and the stator converts the energy of ion flow to mechanical rotation. However, the ion pathway and the mechanism of stator rotation coupled with specific ion flow are still obscure. Here, we determined the structures of the sodium-driven stator of , namely PomAB, in the presence and absence of sodium ions and the structure with its specific inhibitor, phenamil, by cryo-electron microscopy. The structures and following functional analysis revealed the sodium ion pathway, the mechanism of ion selectivity, and the inhibition mechanism by phenamil. We propose a model of sodium ion flow coupled with the stator rotation based on the structures. This work provides insights into the molecular mechanisms of ion specificity and conversion of the electrochemical potential into mechanical functions.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:39793043 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.12 - 3.43 Å
構造データ

60580

8zyv

EMDB-60580, PDB-8zyv:
Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2 with 100 mM NaCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

60581

8zyw

EMDB-60581, PDB-8zyw:
Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2 with 100 mM KCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

60584

8zyz

EMDB-60584, PDB-8zyz:
Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2(D24N) with 100 mM NaCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

60585

8zz0

EMDB-60585, PDB-8zz0:
Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2(D24N) with 100 mM KCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

60636

9ijm

EMDB-60636, PDB-9ijm:
Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2 with 100 mM NaCl and 0.1 mM phenamil
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1l2k:
Neutron Structure Determination of Sperm Whale Met-Myoglobin at 1.5A Resolution.

由来
  • vibrio alginolyticus (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bacterial flagellar stator unit / sodium ion transport / membrane protein complex / Phenamil

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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