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万見
- PDB-9ijm: Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2 with 100 mM N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ijm
タイトルBacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2 with 100 mM NaCl and 0.1 mM phenamil
要素
  • Chemotaxis protein PomA
  • PomB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bacterial flagellar stator unit / Phenamil / sodium ion transport / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / proton transmembrane transport / chemotaxis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar motor protein MotA, conserved site / Flagellar motor protein motA family signature. / : / Motility protein B-like, N-terminal domain / Membrane MotB of proton-channel complex MotA/MotB / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily ...Flagellar motor protein MotA, conserved site / Flagellar motor protein motA family signature. / : / Motility protein B-like, N-terminal domain / Membrane MotB of proton-channel complex MotA/MotB / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chemotaxis protein PomA / PomB
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Nishikino, T. / Takekawa, N. / Imada, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20J00329 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K14157 日本
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural insight into sodium ion pathway in the bacterial flagellar stator from marine .
著者: Tatsuro Nishikino / Norihiro Takekawa / Jun-Ichi Kishikawa / Mika Hirose / Seiji Kojima / Michio Homma / Takayuki Kato / Katsumi Imada /
要旨: Many bacteria swim in liquid or swarm on surface using the flagellum rotated by a motor driven by specific ion flow. The motor consists of the rotor and stator, and the stator converts the energy of ...Many bacteria swim in liquid or swarm on surface using the flagellum rotated by a motor driven by specific ion flow. The motor consists of the rotor and stator, and the stator converts the energy of ion flow to mechanical rotation. However, the ion pathway and the mechanism of stator rotation coupled with specific ion flow are still obscure. Here, we determined the structures of the sodium-driven stator of , namely PomAB, in the presence and absence of sodium ions and the structure with its specific inhibitor, phenamil, by cryo-electron microscopy. The structures and following functional analysis revealed the sodium ion pathway, the mechanism of ion selectivity, and the inhibition mechanism by phenamil. We propose a model of sodium ion flow coupled with the stator rotation based on the structures. This work provides insights into the molecular mechanisms of ion specificity and conversion of the electrochemical potential into mechanical functions.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA
タイトル: Structural insight into sodium ion pathway in the bacterial flagellar stator from marine Vibrio
著者: Nishikino, T. / Takekawa, N. / Kishikawa, J. / Hirose, M. / Kojima, S. / Homma, M. / Kato, T. / Imada, K.
履歴
登録2024年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PomB
B: PomB
C: Chemotaxis protein PomA
D: Chemotaxis protein PomA
E: Chemotaxis protein PomA
F: Chemotaxis protein PomA
G: Chemotaxis protein PomA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,42710
ポリマ－209,0757
非ポリマー3523
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 PomB


分子量: 36330.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6 His residues on C-terminal are purification tag
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
株: VIO5 / 遺伝子: pomB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06874
#2: タンパク質
Chemotaxis protein PomA


分子量: 27283.031 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
株: VIO5 / 遺伝子: pomA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06873
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1L2K / phenamil / 3,5-bis(azanyl)-6-chloranyl-~{N}-(~{N}-phenylcarbamimidoyl)pyrazine-2-carboxamide


分子量: 305.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12ClN7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial flagellar sodium-driven stator PomA5PomB2 with 100 mM NaCl and 0.1 mM phenamil
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.21 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: VIO5
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTris-HClC4H11NO31
30.005 % (w/v)GDNC56H92O251
41 % (w/v)DMSOC2H6SO1
50.1 mMPhenamil methanesulfonate saltC12H12ClN7O/CH3SO3H1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 725 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 13874
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9.8.7モデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4573172
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 596902 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8ZYV

8zyv


Accession code: 8ZYV / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0068833
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66111899
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7481194
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431409
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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