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タイトルStructural and functional insights of AmpG in muropeptide transport and multiple β-lactam antibiotics resistance.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 5744, Year 2025
掲載日2025年7月1日
著者Nienping Chang / Hoyoung Kim / Uijin Kim / Yongju Cho / Youngki Yoo / Hyunsook Lee / Ji Won Kim / Min Sung Kim / Jaeho Lee / Young-Lag Cho / Kitae Kim / Dongeun Yong / Hyun-Soo Cho /
PubMed 要旨Anhydromuropeptide permease (AmpG) is a transporter protein located in the inner membrane of certain gram -negative bacteria, involved in peptidoglycan (PG) recycling and β-lactamase induction. ...Anhydromuropeptide permease (AmpG) is a transporter protein located in the inner membrane of certain gram -negative bacteria, involved in peptidoglycan (PG) recycling and β-lactamase induction. Decreased AmpG function reduces resistance of antibiotic-resistant bacteria to β-lactam antibiotics. Therefore, AmpG-targeting inhibitors are promising 'antibiotic adjuvants'. However, as the tertiary structure of AmpG has not yet been identified, the development of targeted inhibitors remains challenging. We present four cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures: the apo-inward and apo-outward state structures and the inward-occluded and outward states complexed with the substrate GlcNAc-1,6-anhMurNAc. Through functional analysis and molecular dynamics (MD) simulations, we identified motif A, which stabilizes the outward state, substrate-binding pocket, and protonation-related residues. Based on the structure of AmpG and our experimental results, we propose a muropeptide transport mechanism for AmpG. A deeper understanding of its structure and transport mechanism provides a foundation for the development of antibiotic adjuvants.
リンクNat Commun / PubMed:40593790 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.88 Å
構造データ

39900

8zbb

EMDB-39900, PDB-8zbb:
Cryo-EM structure of outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) G50W/L269W
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

60093

8zgz

EMDB-60093, PDB-8zgz:
Cryo-EM structure of inward state Anhydromuropeptide permease (AmpG)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

60190

8zke

EMDB-60190, PDB-8zke:
Cryo-EM structure of inward-facing Anhydromuropeptide permease (AmpG) in complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

61285

9j9z

EMDB-61285, PDB-9j9z:
Cryo-EM structure of Outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

化合物

ChemComp-2YP:
(2R)-2-[[(1R,2S,3R,4R,5R)-4-acetamido-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]oxy]propanoic acid

由来
  • yokenella regensburgei (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / transporter / ampg / cryo-em / permease / TRANSPORT PROTEIN / antibiotic resistance / membrane transporter / MEMBRANE PROTEIN / MFS / Anhydromuropeptide permease

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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