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タイトルStructure of human PIEZO1 and its slow-inactivating channelopathy mutants.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 13, Year 2025
掲載日2025年7月16日
著者Yuanyue Shan / Xinyi Guo / Mengmeng Zhang / Meiyu Chen / Ying Li / Mingfeng Zhang / Duanqing Pei /
PubMed 要旨PIEZO channels transmit mechanical force signals to cells, allowing them to make critical decisions during development and in pathophysiological conditions. Their fast/slow inactivation modes have ...PIEZO channels transmit mechanical force signals to cells, allowing them to make critical decisions during development and in pathophysiological conditions. Their fast/slow inactivation modes have been implicated in mechanopathologies but remain poorly understood. Here, we report several near-atomic resolution cryo-EM structures of fast-inactivating wild-type human PIEZO1 (hPIEZO1) and its slow-inactivating channelopathy mutants with or without its auxiliary subunit MDFIC. Our results suggest that hPIEZO1 has a more flattened and extended architecture than curved mouse PIEZO1 (mPIEZO1). The multi-lipidated MDFIC subunits insert laterally into the hPIEZO1 pore module like mPIEZO1, resulting in a more curved and extended state. Interestingly, the high-resolution structures suggest that the pore lipids, which directly seal the central hydrophobic pore, may be involved in the rapid inactivation of hPIEZO1. While the severe hereditary erythrocytosis mutant R2456H significantly slows down the inactivation of hPIEZO1, the hPIEZO1-R2456H-MDFIC complex shows a more curved and contracted structure with an inner helix twist due to the broken link between the pore lipid and R2456H. These results suggest that the pore lipids may be involved in the mechanopathological rapid inactivation mechanism of PIEZO channels.
リンクElife / PubMed:40668110 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.5 Å
構造データ

39205

8yez

EMDB-39205, PDB-8yez:
Human PIEZO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

39219

8yfc

EMDB-39219, PDB-8yfc:
Human PIEZO1-A1988V-MDFIC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

39223

8yfg

EMDB-39223, PDB-8yfg:
Human PIEZO1-R2456H_MDFIC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

60479

8zu3

EMDB-60479, PDB-8zu3:
Human PIEZO1-MDFIC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

60481

8zu8

EMDB-60481, PDB-8zu8:
Human PIEZO1-A1988V
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-L9Q:
(1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / [S,(-)]-1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-D-グリセロ-ル3-(りん酸2-アミノエチル)

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human PIEZO1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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