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タイトルBiochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
ジャーナル・号・ページEmbo J., Vol. 43, Page 462-480, Year 2024
掲載日2023年6月23日 (構造データの登録日)
著者Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.
リンクEmbo J. / PubMed:38216735
手法X線回折
解像度1.3 - 2.61 Å
構造データ

PDB-8t8u:
Crystal structure of Terrestrivirus full-length Inositol pyrophosphate kinase in complex with ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.01 Å

PDB-8t8v:
Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase in complex with ADP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-8t8w:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ATP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-8t8x:
Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase in complex with AMP-PNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.59 Å

PDB-8t8y:
Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase in complex with ADP and 1,4,5-InsP3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-8t8z:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and myo-(1OH)IP5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-8t90:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and myo-(3OH)IP5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-8t91:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and myo-IP6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.56 Å

PDB-8t92:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-D-(1,2,3,4)-IP4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-8t93:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-L-(1,2,3,4)-IP4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-8t95:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-(1,2,4,5)-IP4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.61 Å

PDB-8t96:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-IP5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.36 Å

PDB-8t97:
Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-IP6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.46 Å

PDB-8t98:
Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with Scyllo-3-PP-(1,2,4,5)IP4, Mg, and Fluoride ion
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-8t99:
Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with Scyllo-L-1,4-[PP]2-(2,3)IP2, Mg, and Fluoride ion
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-8tf9:
Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with myo-5-IP7, produced upon myo-IP6 phosphorylation by TvI
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-8tfa:
Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with myo-5-PP-IP4, produced upon myo-(2OH)-IP5 phosphorylation by TvIPK
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-I3P:
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸 / イノシトールトリスリン酸

ChemComp-ZNU:
(1S,2R,3S,4S,5S,6S)-6-hydroxycyclohexane-1,2,3,4,5-pentayl pentakis[dihydrogen (phosphate)] / L-myo-イノシト-ル1,2,4,5,6-ペンタキスりん酸

ChemComp-ZNZ:
(1R,2R,3R,4S,5R,6R)-6-hydroxycyclohexane-1,2,3,4,5-pentayl pentakis[dihydrogen (phosphate)] / D-myo-イノシト-ル1,2,4,5,6-ペンタキスりん酸

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸

ChemComp-XID:
(1S,2R,3R,4S,5R,6R)-5,6-dihydroxycyclohexane-1,2,3,4-tetrayl tetrakis[dihydrogen (phosphate)] / シクロヘキサン-1α,2β,3α,4β,5α,6β-ヘキサオ-ル3,4,5,6-テトラキスりん酸

ChemComp-ZNQ:
(1R,2S,3S,4R,5S,6S)-5,6-dihydroxycyclohexane-1,2,3,4-tetrayl tetrakis[dihydrogen (phosphate)] / シクロヘキサン-1β,2α,3β,4α,5β,6α-ヘキサオ-ル3,4,5,6-テトラキスりん酸

ChemComp-I4P:
(1S,3R,4R,6S)-1,3,4,6-TETRAPKISPHOSPHATE / イノシト-ル1,3,4,6-テトラキスりん酸

ChemComp-K7V:
neo-Inositol pentakisphosphate

ChemComp-KGN:
D-chiro inositol hexakisphosphate / D-chiro-イノシト-ル六りん酸

ChemComp-U6J:
(1r,2R,3S,4r,5R,6S)-4-hydroxy-2,3,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / D-myo-イノシト-ル1,3,4,6-テトラりん酸5-二りん酸

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-F:
FLUORIDE ION / フルオリド / フッ化物

ChemComp-ZOW:
(1R,2S,3S,4R,5S,6S)-2,3-dihydroxy-5,6-bis(phosphonooxy)cyclohexane-1,4-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)]

ChemComp-I7P:
(1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / D-myo-イノシト-ル1,2,3,4,6-ペンタキスりん酸5-二りん酸

由来
  • terrestrivirus sp. (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Virus (ウイルス) / Kinase (キナーゼ) / inositol phosphate (イノシトールリン酸) / soil / myo-inositol (イノシトール) / Terrestrivirus / HYDROLASE (加水分解酵素) / inositol (イノシトール) / phosphatase (ホスファターゼ) / NUT3 / DIPP1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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