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タイトルIn-cell structure and snapshots of copia retrotransposons in intact tissue by cryo-ET.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 8, Page 2094-2110.e18, Year 2025
掲載日2025年4月17日
著者Sven Klumpe / Kirsten A Senti / Florian Beck / Jenny Sachweh / Bernhard Hampoelz / Paolo Ronchi / Viola Oorschot / Marlene Brandstetter / Assa Yeroslaviz / John A G Briggs / Julius Brennecke / Martin Beck / Jürgen M Plitzko /
PubMed 要旨Long terminal repeat (LTR) retrotransposons belong to the transposable elements (TEs), autonomously replicating genetic elements that integrate into the host's genome. Among animals, Drosophila ...Long terminal repeat (LTR) retrotransposons belong to the transposable elements (TEs), autonomously replicating genetic elements that integrate into the host's genome. Among animals, Drosophila melanogaster serves as an important model organism for TE research and contains several LTR retrotransposons, including the Ty1-copia family, which is evolutionarily related to retroviruses and forms virus-like particles (VLPs). In this study, we use cryo-focused ion beam (FIB) milling and lift-out approaches to visualize copia VLPs in ovarian cells and intact egg chambers, resolving the in situ copia capsid structure to 7.7 Å resolution by cryoelectron tomography (cryo-ET). Although cytoplasmic copia VLPs vary in size, nuclear VLPs are homogeneous and form densely packed clusters, supporting a model in which nuclear import acts as a size selector. Analyzing flies deficient in the TE-suppressing PIWI-interacting RNA (piRNA) pathway, we observe copia's translocation into the nucleus during spermatogenesis. Our findings provide insights into the replication cycle and cellular structural biology of an active LTR retrotransposon.
リンクCell / PubMed:40049165
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度7.7 - 35.0 Å
構造データ

EMDB-19643: Tomographic reconstruction of the follicle cell nuclear periphery from high pressure frozen, freeze substituted and resin embedded D. melanogaster egg chamber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19644: Tomographic reconstruction of the follicle cell nuclear periphery from high pressure frozen, freeze substituted and resin embedded D. melanogaster egg chamber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19645: Tomographic reconstruction of the follicle cell nuclear periphery from high pressure frozen, freeze substituted and resin embedded D. melanogaster egg chamber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19646: Tomographic reconstruction of the follicle cell nuclear periphery from high pressure frozen, freeze substituted and resin embedded D. melanogaster egg chamber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19647: Tomographic reconstruction of nuclear copia VLP clusters in D. melanogaster ovarian somatic cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19648: Tomogram of the nuclear periphery of a follicle cell from lift-out experiments on D. melanogaster egg chambers
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19649: In situ copia VLP cluster subtomogram averaging, C1-C1 contact map
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-19650: In situ copia VLP cluster subtomogram averaging, C1-C5 contact map
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-19651: In situ copia VLP cluster subtomogram averaging, C5-C5 contact map
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

19708

8s41

EMDB-19708, PDB-8s41:
The structure of the copia retrotransposon icosahedral capsid (T=9)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.7 Å

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Tomography / Drosophila / melanogaster / follicle cell / copia / Ty1 / retrotransposon / LTR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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