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万見
- EMDB-19646: Tomographic reconstruction of the follicle cell nuclear periphery... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19646
タイトルTomographic reconstruction of the follicle cell nuclear periphery from high pressure frozen, freeze substituted and resin embedded D. melanogaster egg chamber
マップデータReconstructed tomogram
試料
  • 組織: D. melanogaster egg chamber from tj>Sec31::RFP flies
キーワードTomography / Drosophila / melanogaster / follicle cell / nuclear periphery / nucleus / freeze-substitution / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Klumpe S / Hampoelz B / Ronchi P / Beck M / Plitzko J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: In-cell structure and snapshots of copia retrotransposons in intact tissue by cryo-ET.
著者: Sven Klumpe / Kirsten A Senti / Florian Beck / Jenny Sachweh / Bernhard Hampoelz / Paolo Ronchi / Viola Oorschot / Marlene Brandstetter / Assa Yeroslaviz / John A G Briggs / Julius Brennecke ...著者: Sven Klumpe / Kirsten A Senti / Florian Beck / Jenny Sachweh / Bernhard Hampoelz / Paolo Ronchi / Viola Oorschot / Marlene Brandstetter / Assa Yeroslaviz / John A G Briggs / Julius Brennecke / Martin Beck / Jürgen M Plitzko /
要旨: Long terminal repeat (LTR) retrotransposons belong to the transposable elements (TEs), autonomously replicating genetic elements that integrate into the host's genome. Among animals, Drosophila ...Long terminal repeat (LTR) retrotransposons belong to the transposable elements (TEs), autonomously replicating genetic elements that integrate into the host's genome. Among animals, Drosophila melanogaster serves as an important model organism for TE research and contains several LTR retrotransposons, including the Ty1-copia family, which is evolutionarily related to retroviruses and forms virus-like particles (VLPs). In this study, we use cryo-focused ion beam (FIB) milling and lift-out approaches to visualize copia VLPs in ovarian cells and intact egg chambers, resolving the in situ copia capsid structure to 7.7 Å resolution by cryoelectron tomography (cryo-ET). Although cytoplasmic copia VLPs vary in size, nuclear VLPs are homogeneous and form densely packed clusters, supporting a model in which nuclear import acts as a size selector. Analyzing flies deficient in the TE-suppressing PIWI-interacting RNA (piRNA) pathway, we observe copia's translocation into the nucleus during spermatogenesis. Our findings provide insights into the replication cycle and cellular structural biology of an active LTR retrotransposon.
履歴
登録2024年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstructed tomogram
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
12.2 Å/pix.
x 203 pix.
= 2476.6 Å		12.2 Å/pix.
x 2048 pix.
= 24985.6 Å		12.2 Å/pix.
x 2048 pix.
= 24985.6 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 12.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2230.0 - 2743.0
平均 (標準偏差)419.720120000000009 (±392.469600000000014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-94
サイズ20482048203
Spacing20482048203
セルA: 24985.6 Å / B: 24985.6 Å / C: 2476.5999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : D. melanogaster egg chamber from tj>Sec31::RFP flies

全体名称: D. melanogaster egg chamber from tj>Sec31::RFP flies
要素
  • 組織: D. melanogaster egg chamber from tj>Sec31::RFP flies

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超分子 #1: D. melanogaster egg chamber from tj>Sec31::RFP flies

超分子名称: D. melanogaster egg chamber from tj>Sec31::RFP flies
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Females from F1 scored against CyO from following genotypes: traffic jam-GAL4/CyO;; and w* P{UAS-Sec31.RFP}13.5; snaSco/CyO, P{ftz-lacB}E3 (Bloomington #86533);
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
器官: Egg chamber / 組織: Follicle cell epithelium

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
糖包埋材質: Lowicryl HM20
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細Dissected egg chambers
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is HPM 010. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'BAL-TEC HPM 010', 'OTHER', 'LEICA EM ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is HPM 010. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'BAL-TEC HPM 010', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% Ficoll 70 kDa
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica EM UC7 / ウルトラミクロトーム - 温度: 293 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 300

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 / 詳細: Gatan OneView
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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