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タイトルTwo-stage binding of mitochondrial ferredoxin-2 to the core iron-sulfur cluster assembly complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10559, Year 2024
掲載日2024年12月4日
著者Ralf Steinhilper / Linda Boß / Sven-A Freibert / Vinzent Schulz / Nils Krapoth / Susann Kaltwasser / Roland Lill / Bonnie J Murphy /
PubMed 要旨Iron-sulfur (FeS) protein biogenesis in eukaryotes begins with the de novo assembly of [2Fe-2S] clusters by the mitochondrial core iron-sulfur cluster assembly (ISC) complex. This complex comprises ...Iron-sulfur (FeS) protein biogenesis in eukaryotes begins with the de novo assembly of [2Fe-2S] clusters by the mitochondrial core iron-sulfur cluster assembly (ISC) complex. This complex comprises the scaffold protein ISCU2, the cysteine desulfurase subcomplex NFS1-ISD11-ACP1, the allosteric activator frataxin (FXN) and the electron donor ferredoxin-2 (FDX2). The structural interaction of FDX2 with the complex remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of the human FDX2-bound core ISC complex showing that FDX2 and FXN compete for overlapping binding sites. FDX2 binds in either a 'distal' conformation, where its helix F interacts electrostatically with an arginine patch of NFS1, or a 'proximal' conformation, where this interaction tightens and the FDX2-specific C terminus binds to NFS1, facilitating the movement of the [2Fe-2S] cluster of FDX2 closer to the ISCU2 FeS cluster assembly site for rapid electron transfer. Structure-based mutational studies verify the contact areas of FDX2 within the core ISC complex.
リンクNat Commun / PubMed:39632806 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.03 - 2.52 Å
構造データ

EMDB-19355: Structure of the FDX2-bound core ISC complex (consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.03 Å

19356

8rmc

EMDB-19356, PDB-8rmc:
Structure of the FDX2-bound core ISC complex (proximal conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

19357

8rmd

EMDB-19357, PDB-8rmd:
Structure of the FDX2-bound core ISC complex (distal conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

EMDB-19358: Structure of the core ISC complex under turnover conditions (consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

19359

8rme

EMDB-19359, PDB-8rme:
Structure of the core ISC complex under turnover conditions (frataxin-bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

19360

8rmf

EMDB-19360, PDB-8rmf:
Structure of the core ISC complex under turnover conditions (FDX2-bound in proximal conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

19361

8rmg

EMDB-19361, PDB-8rmg:
Structure of the core ISC complex under turnover conditions (FDX2-bound in distal conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli bl21(de3) (大腸菌)
キーワードTRANSFERASE / cysteine desulfurase / FeS biosynthesis / FeS biogenesis / mitochondria / Friedreich's ataxia / frataxin / ferredoxin / FDX2 / iron-sulfur cluster

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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