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Structure paper

タイトルMechanism for Vipp1 spiral formation, ring biogenesis, and membrane repair.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 3, Page 571-584, Year 2025
掲載日2024年11月11日
著者Souvik Naskar / Andrea Merino / Javier Espadas / Jayanti Singh / Aurelien Roux / Adai Colom / Harry H Low /
PubMed 要旨The ESCRT-III-like protein Vipp1 couples filament polymerization with membrane remodeling. It assembles planar sheets as well as 3D rings and helical polymers, all implicated in mitigating plastid- ...The ESCRT-III-like protein Vipp1 couples filament polymerization with membrane remodeling. It assembles planar sheets as well as 3D rings and helical polymers, all implicated in mitigating plastid-associated membrane stress. The architecture of Vipp1 planar sheets and helical polymers remains unknown, as do the geometric changes required to transition between polymeric forms. Here we show how cyanobacterial Vipp1 assembles into morphologically-related sheets and spirals on membranes in vitro. The spirals converge to form a central ring similar to those described in membrane budding. Cryo-EM structures of helical filaments reveal a close geometric relationship between Vipp1 helical and planar lattices. Moreover, the helical structures reveal how filaments twist-a process required for Vipp1, and likely other ESCRT-III filaments, to transition between planar and 3D architectures. Overall, our results provide a molecular model for Vipp1 ring biogenesis and a mechanism for Vipp1 membrane stabilization and repair, with implications for other ESCRT-III systems.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39528797 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.67 - 3.78 Å
構造データ

18318

8qbr

EMDB-18318, PDB-8qbr:
Cryo-EM structure of Vipp1 helical filament with lattice 1 (Vipp1_L1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.74 Å

18319

8qbs

EMDB-18319, PDB-8qbs:
Cryo-EM structure of Vipp1-F197K/L200K helical filament with lattice 1 (Vipp1-F197K/L200K_L1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.67 Å

18321

8qbv

EMDB-18321, PDB-8qbv:
Cryo-EM structure of Vipp1-deltaH6_aa1-219 helical filament with lattice 2 (Vipp1-deltaH6_L2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.78 Å

18322

8qbw

EMDB-18322, PDB-8qbw:
Cryo-EM structure of Vipp1-deltaH6_aa1-219 helical filament with lattice 3 (Vipp1-deltaH6_L3)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.67 Å

由来
  • nostoc punctiforme (バクテリア)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Vipp1/IM30/ESCRT-III / Membrane remodeling / Cryoelectron microscopy / Helical filament structure

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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