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タイトルFoot-and-mouth disease virus antigenic landscape and reduced immunogenicity elucidated in atomic detail.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8774, Year 2024
掲載日2024年10月10日
著者Haozhou Li / Pan Liu / Hu Dong / Aldo Dekker / Michiel M Harmsen / Huichen Guo / Xiangxi Wang / Shiqi Sun /
PubMed 要旨Unlike most other picornaviruses, foot-and-mouth disease (FMD) intact virions (146S) dissociate easily into small pentameric subunits (12S). This causes a dramatically decreased immunogenicity by a ...Unlike most other picornaviruses, foot-and-mouth disease (FMD) intact virions (146S) dissociate easily into small pentameric subunits (12S). This causes a dramatically decreased immunogenicity by a mechanism that remains elusive. Here, we present the high-resolution structures of 12S (3.2 Å) and its immune complex of a single-domain antibody (VHH) targeting the particle interior (3.2 Å), as well as two 146S-specific VHHs complexed to distinct sites on the 146S capsid surface (3.6 Å and 2.9 Å). The antigenic landscape of 146S is depicted using 13 known FMD virus-antibody complexes. Comparison of the immunogenicity of 146S and 12S in pigs, focusing on the resulting antigenic sites and incorporating structural analysis, reveals that dissociation of 146S leads to structural alteration and destruction of multiple epitopes, resulting in significant differences in antibody profiles/lineages induced by 12S and 146S. Furthermore, 146S generates higher synergistic neutralizing antibody titers compared to 12S, whereas both particles induce similar total FMD virus specific antibody titers. This study can guide the structure-based rational design of novel multivalent and broad-spectrum recombinant vaccines for protection against FMD.
リンクNat Commun / PubMed:39389971 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

34630

8hbg

EMDB-34630, PDB-8hbg:
FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M678F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

34636

8hbi

EMDB-34636, PDB-8hbi:
FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M688F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

34637

8hbj

EMDB-34637, PDB-8hbj:
cocktail of FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M678F and M688F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

34689

8hee

EMDB-34689, PDB-8hee:
Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

34690

8heg

EMDB-34690, PDB-8heg:
Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M3F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • foot-and-mouth disease virus a (ウイルス)
  • lama glama (ラマ)
  • foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
キーワードVIRUS / FMDV / antibody / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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