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タイトルStructural biology and functional features of phage-derived depolymerase Depo32 on with K2 serotype capsular polysaccharides.
ジャーナル・号・ページMicrobiol Spectr, Vol. 11, Issue 5, Page e0530422, Year 2023
掲載日2023年9月26日
著者Ruopeng Cai / Zhuolu Ren / Rihong Zhao / Yan Lu / Xinwu Wang / Zhimin Guo / Jinming Song / Wentao Xiang / Rui Du / Xiaokang Zhang / Wenyu Han / Heng Ru / Jingmin Gu /
PubMed 要旨Hypervirulent with capsular polysaccharides (CPSs) causes severe nosocomial- and community-acquired infections. Phage-derived depolymerases can degrade CPSs from to attenuate bacterial virulence, ...Hypervirulent with capsular polysaccharides (CPSs) causes severe nosocomial- and community-acquired infections. Phage-derived depolymerases can degrade CPSs from to attenuate bacterial virulence, but their antimicrobial mechanisms and clinical potential are not well understood. In the present study, phage GH-K3-derived depolymerase Depo32 (encoded by gene ) was identified to exhibit high efficiency in specifically degrading the CPSs of K2 serotype . The cryo-electron microscopy structure of trimeric Depo32 at a resolution up to 2.32 Å revealed potential catalytic centers in the cleft of each of the two adjacent subunits. subjected to Depo32 became more sensitive to phagocytosis by RAW264.7 cells and activated the cells by the mitogen-activated protein kinase signaling pathway. In addition, intranasal inoculation with Depo32 (a single dose of 200 µg, 20 µg daily for 3 days, or in combination with gentamicin) rescued all C57BL/6J mice infected with a lethal dose of K7 without interference from its neutralizing antibody. In summary, this work elaborates on the mechanism by which Depo32 targets the degradation of K2 serotype CPSs and its potential as an antivirulence agent. IMPORTANCE Depolymerases specific to more than 20 serotypes of spp. have been identified, but most studies only evaluated the single-dose treatment of depolymerases with relatively simple clinical evaluation indices and did not reveal the anti-infection mechanism of these depolymerases in depth. On the basis of determining the biological characteristics, the structure of Depo32 was analyzed by cryo-electron microscopy, and the potential active center was further identified. In addition, the effects of Depo32 on macrophage phagocytosis, signaling pathway activation, and serum killing were revealed, and the efficacy of the depolymerase (single treatment, multiple treatments, or in combination with gentamicin) against acute pneumonia caused by was evaluated. Moreover, the roles of the active sites of Depo32 were also elucidated in the and studies. Therefore, through structural biology, cell biology, and experiments, this study demonstrated the mechanism by which Depo32 targets K2 serotype . infection.
リンクMicrobiol Spectr / PubMed:37750730 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.32 - 2.46 Å
構造データ

32215

7vyv

EMDB-32215, PDB-7vyv:
Cryo-EM structure of Depo32, a Klebsiella phage depolymerase targets the K2 serotype K. pneumoniae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.32 Å

32219

7vz3

EMDB-32219, PDB-7vz3:
Cryo-EM structure of Depo32, a Klebsiella phage depolymerase targets the K2 serotype K. pneumoniae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

由来
  • Klebsiella phage 020009 (ファージ)
  • klebsiella phage gh-k3 (ファージ)
キーワードLYASE / Depolymerase / Klebsiella pneumoniae / K2 capsular type / Capsular polysaccharides / HYDROLASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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