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Structure paper

タイトルStructural insights into the inhibition mechanism of human sterol O-acyltransferase 1 by a competitive inhibitor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 2478, Year 2020
掲載日2020年5月18日
著者Chengcheng Guan / Yange Niu / Si-Cong Chen / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Koji Nishi / Catherine C Y Chang / Ta-Yuan Chang / Tuoping Luo / Lei Chen /
PubMed 要旨Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the ...Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the esterification of cholesterol to generate cholesteryl esters for cholesterol storage. SOAT1 is a target to treat several human diseases. However, its structure and mechanism remain elusive since its discovery. Here, we report the structure of human SOAT1 (hSOAT1) determined by cryo-EM. hSOAT1 is a tetramer consisted of a dimer of dimer. The structure of hSOAT1 dimer at 3.5 Å resolution reveals that a small molecule inhibitor CI-976 binds inside the catalytic chamber and blocks the accessibility of the active site residues H460, N421 and W420. Our results pave the way for future mechanistic study and rational drug design targeting hSOAT1 and other mammalian MBOAT family members.
リンクNat Commun / PubMed:32424158 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 8.25 Å
構造データ

EMDB-0829:
Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 tetramer in oval shape
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.25 Å

EMDB-0830:
Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 tetramer in rhombic shape
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

0831

6l47

EMDB-0831, PDB-6l47:
Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 in complex with CI-976
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

0832

6l48

EMDB-0832, PDB-6l48:
Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 in resting state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-E5L:
2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide / CI-976

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSFERASE (転移酵素) / SOAT / ACAT / MBOAT

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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