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Structure paper

タイトルCalcium-gated potassium channel blockade via membrane-facing fenestrations.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 20, Issue 1, Page 52-61, Year 2024
掲載日2023年8月31日
著者Chen Fan / Emelie Flood / Nattakan Sukomon / Shubhangi Agarwal / Toby W Allen / Crina M Nimigean /
PubMed 要旨Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because ...Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because blocker entry was assumed through the intracellular entryway (bundle crossing), closed-pore access suggested that the gate was not at the bundle crossing. Structures of closed MthK, a Methanobacterium thermoautotrophicum homolog of BK channels, revealed a tightly constricted intracellular gate, leading us to investigate the membrane-facing fenestrations as alternative pathways for blocker access directly from the membrane. Atomistic free energy simulations showed that intracellular blockers indeed access the pore through the fenestrations, and a mutant channel with narrower fenestrations displayed no closed-state TPeA block at concentrations that blocked the wild-type channel. Apo BK channels display similar fenestrations, suggesting that blockers may use them as access paths into closed channels. Thus, membrane fenestrations represent a non-canonical pathway for selective targeting of specific channel conformations, opening novel ways to selectively drug BK channels.
リンクNat Chem Biol / PubMed:37653172 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.88 - 3.5 Å
構造データ

27459

8djb

EMDB-27459, PDB-8djb:
MthK-A90L mutant in closed state with 0 Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

29605

8fz7

EMDB-29605, PDB-8fz7:
TpeA bound closed MthK-A88F mutant in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

9405

5bki

EMDB-9405, PDB-5bki:
Blocker-free closed MthK channel in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

9406

5bkj

EMDB-9406, PDB-5bkj:
TPeA-bound closed MthK channel in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

9407

5bkk

EMDB-9407, PDB-5bkk:
bbTBA-bound closed MthK channel in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-PGW:
(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl / POPG / リン脂質*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-YQ1:
1-(tripentyl-$l^{4}-azanyl)pentane

ChemComp-YQ4:
(~{R})-phenyl-[4-[(tributyl-$l^{4}-azanyl)methyl]phenyl]methanol

由来
  • methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / MTHK / MEMBRANE PROTEIN / Blocker TpeA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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