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タイトルRibosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 510, Page 422-426, Year 2014
掲載日2010年5月7日 (構造データの登録日)
著者Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. ...Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J.
リンクNature / PubMed:24814345
手法X線回折
解像度2.05 - 2.96 Å
構造データ

PDB-2xdv:
Crystal Structure of the Catalytic Domain of FLJ14393
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.57 Å

PDB-4bu2:
60S ribosomal protein L27A histidine hydroxylase (MINA53) in complex with Ni(II) and 2-oxoglutarate (2OG)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.78 Å

PDB-4bxf:
60S ribosomal protein L27A histidine hydroxylase (MINA53 Y209C) in complex with MN(II), 2-oxoglutarate (2OG) and 60S ribosomal protein L27A (RPL27A G37C) peptide fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-4ccj:
60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66) in apo form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-4cck:
60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66) in complex with Mn(II) and N-oxalylglycine (NOG)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-4ccl:
X-Ray structure of E. coli ycfD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.596 Å

PDB-4ccm:
60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G220C) peptide fragment (complex-1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.51 Å

PDB-4ccn:
60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66 L299C/C300S) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G220C) peptide fragment (complex-2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.23 Å

PDB-4cco:
60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66 S373C) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G214C) peptide fragment (complex-3)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-4csw:
Rhodothermus marinus YCFD-like ribosomal protein L16 Arginyl hydroxylase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.821 Å

PDB-4cug:
Rhodothermus marinus YCFD-like ribosomal protein L16 Arginyl hydroxylase in complex substrate fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.96 Å

PDB-4lit:
Structure of YcfD a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli in complex with Cobalt and 2-oxoglutarate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-4liu:
Structure of YcfD, a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-4liv:
Structure of YcfD, a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli in complex with Cobalt and succinic acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-OGA:
N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン / 阻害剤*YM / N-Oxalylglycine

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION / ニッケル

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-AKG:
2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸

ChemComp-UN9:
N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-CO:
Unknown entry

ChemComp-TAM:
TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / pH緩衝剤*YM / トリスヒドロキシメチルアミノメタン

ChemComp-SIN:
SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • rhodothermus marinus (バクテリア)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RIBOSOME BIOGENESIS (リボソーム生合成) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NON-HEME / IRON-BINDING / DSBH / 2-OXOGLUTARATE (Α-ケトグルタル酸) / DIOXYGENASE / JMJC DOMAIN / RPL27A / BETA-HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / OXIDOREDUCTASE/TRANSLATION / OXIDOREDUCTASE-TRANSLATION COMPLEX / RPL8 / 2OG AND IRON DEPENDENT OXYGENASE / 2- OXOGLUTARATE / 2-OXOGLUTARATE AND IRON DEPENDENT OXYGENASE / DOUBLE STRANDED BETA HELIX FOLD / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Hydroxylation (ヒドロキシル化)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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