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タイトルTIR-like NADases act in bacterial immunity and the RNA vault.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2026
掲載日2026年5月5日
著者Adam Osinski / Benjamin Mayro / Victor A Lopez / Jason Schrad / Hannah Choi / Diana R Tomchick / Krzysztof Pawłowski / Kevin Forsberg / Sarah H Shahmoradian / Vincent S Tagliabracci /
PubMed 要旨Across all domains of life, organisms exploit NAD metabolism as a central line of defense against invading pathogens. Here, we show that domain of unknown function 4062 (DUF4062) is a widespread ...Across all domains of life, organisms exploit NAD metabolism as a central line of defense against invading pathogens. Here, we show that domain of unknown function 4062 (DUF4062) is a widespread family of TIR-like NADases that hydrolyze NAD to ADP-ribose and nicotinamide. In bacteria, DUF4062 homologs form a previously unrecognized antiphage defense system, which we name Swarożyc, that assembles with the phage portal into a supramolecular NADase complex to induce abortive infection. In eukaryotes, DUF4062 is found in TEP1, which we demonstrate functions as an active NADase within the RNA vault, an enigmatic organelle-like structure. Single-particle cryo-electron microscopy reveals ADP-ribose bound within the shoulder of both reconstituted and human brain vaults, while cryo-electron tomography positions TEP1 along the central axis at the shoulder. Thus, TEP1, like bacterial Swarożyc, functions by depleting NAD, providing new insight into the long-standing mystery of vault function.
リンクbioRxiv / PubMed:42146377 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.87 - 2.85 Å
構造データ

75498

10wc

EMDB-75498, PDB-10wc:
KpSwz DUF4062 (Hexamer, catalytic mutant E97A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

75622

11cq

EMDB-75622, PDB-11cq:
KpSwz in complex with bacteriophage Bas14 Portal
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

75626

11cv

EMDB-75626, PDB-11cv:
KpSwz DUF4062 (Tetramer, catalytic mutant E97A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

75638

11dr

EMDB-75638, PDB-11dr:
Human Brain RNA Vault Shoulder bound to ADPR, focused refinement (EMPIAR-10766)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

75642

11dv

EMDB-75642, PDB-11dv:
RNA Vault waist region, focused refinement (MVP/TEP1 sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

75647

11ee

EMDB-75647, PDB-11ee:
RNA Vault shoulder region with BAD bound, focused refinement (MVP/TEP1 sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.87 Å

75656

11eq

EMDB-75656, PDB-11eq:
RNA Vault with BAD bound (MVP/TEP1 sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.17 Å

75664

11fh

EMDB-75664, PDB-11fh:
RNA Vault cap (MVP/PARP4/TEP1 sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.92 Å

75731

11jb

EMDB-75731, PDB-11jb:
RNA Vault with ADPR bound (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.16 Å

75732

11jc

EMDB-75732, PDB-11jc:
RNA Vault Shoulder with ADPR bound, compact conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.96 Å

75733

11jd

EMDB-75733, PDB-11jd:
RNA Vault Shoulder with ADPR bound, extended conformation, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

75735

11jf

EMDB-75735, PDB-11jf:
RNA Vault bound to PARP4 MINT, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-75744: RNA Vault intermediate conformation (MVP/PARP4/TEP1 sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

EMDB-75745: RNA Vault extended conformation (MVP/PARP4/TEP1 sample)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.24 Å

PDB-11gz:
TEP1 TIR/DUF4062 domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-AR6:
[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL

ChemComp-DQV:
[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

由来
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
  • escherichia phage theodorherzl (ファージ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / DUF4062 / TIR / Anti-phage defense / bacterial immunity / NADase / Bacteriophage / phage / portal protein / TIR domain / STRUCTURAL PROTEIN / RNA Vault / ADPR / ADP-ribose / Nucleotide / Major Vault Protein / BAD / benzamide adenine dinucleotide / NAD-ase / TEP1 / complex / PARP4

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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