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タイトルThe buried S2 apex of SARS-CoV-2 spike elicits an immunodominant germline-restricted public antibody response.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2026
掲載日2026年2月19日
著者Suncheol Park / Jacob Mischka / Nisreen Okba / Anass Abbad / Meng Yuan / Komal Srivastava / Charles Gleason / Lubbertus C F Mulder / Jeffrey Copps / Katrina Saam / Sandhya Bangaru / Florian Krammer / Ian A Wilson / Viviana Simon / Andrew B Ward /
PubMed 要旨The continued mutational pressure on the SARS-CoV-2 S1 subunit underscores the need to target the conserved S2 region for pan-coronavirus vaccine development. A detailed molecular understanding of S2- ...The continued mutational pressure on the SARS-CoV-2 S1 subunit underscores the need to target the conserved S2 region for pan-coronavirus vaccine development. A detailed molecular understanding of S2-directed immune responses is therefore essential. In this study, we identified the S2 apex as the most immunodominant epitope within the S2 subunit, eliciting robust antibody responses despite occlusion by S1, using electron-microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) of plasma from infected and vaccinated individuals. Structure-guided sequence analysis with antibody databases revealed that antibodies targeting a poorly characterized S2 Apex-B site form a convergent public clonotype, which is predominantly derived from the IGHV3-30 germline with a 14-residue CDRH3 containing a G/S-G-S/N-Y motif. This clonotype is extensively expanded, accounting for up to 40% of total spike-reactive antibody sequence counts in individual vaccinated donors. This study elucidates the molecular basis the high-frequency elicitation of this non-neutralizing clonotype emphasizing that its immunodominance acts as a primary hurdle for universal coronavirus vaccines and underscore the need for precision antigen design to redirect immunity toward more potent neutralizing targets.
リンクbioRxiv / PubMed:41756886 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 24.0 Å
構造データ

73884

9z80

EMDB-73884, PDB-9z80:
SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab_Donor1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

74737

9zt5

EMDB-74737, PDB-9zt5:
SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab-B_Donor3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

74738

9zt6

EMDB-74738, PDB-9zt6:
SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab-B_Donor8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

74739

9zt7

EMDB-74739, PDB-9zt7:
SARS-CoV-2 S2 in complex with COV2-2509
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

74740

9zt8

EMDB-74740, PDB-9zt8:
Stabilized SARS-CoV-2 S2 apo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-75193: SARS-CoV-2 spike S2 subunit in complex with polyclonal Fabs (Apex-A epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-75194: SARS-CoV-2 spike S2 subunit in complex with polyclonal Fabs (Apex-B epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

75295

10mu

EMDB-75295, PDB-10mu:
SARS-CoV-2 S2 in complex with polyclonal Fab_Donor2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / SARS-CoV-2 / Coronavirus / Immune system / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex / VIRUS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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