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タイトルCryo-EM structures of UBA6 reveal mechanisms of E1-E2 specificity and dual FAT10/ubiquitin thioester transfer.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年2月28日
著者Digant Nayak / Lijia Jia / Priscila Dos Santos Bury / Eliza A Ruben / Ankita Shukla / Anindita Nayak / Caleb M Stratton / Pirouz Ebadi / Hee Cho / Anna A Tumanova / Joyce T Varughese / Lingmin Yuan / Fei Gao / Kristin E Cano / Christopher Davies / Patrick Sung / Michaela U Gack / Elizabeth V Wasmuth / Shaun K Olsen /
PubMed 要旨UBA1 and UBA6 define parallel ubiquitin (Ub) activation systems that perform non-overlapping roles in Ub and ubiquitin-like protein (Ubl) signaling. Whereas UBA1 supports the canonical Ub pathway, ...UBA1 and UBA6 define parallel ubiquitin (Ub) activation systems that perform non-overlapping roles in Ub and ubiquitin-like protein (Ubl) signaling. Whereas UBA1 supports the canonical Ub pathway, UBA6 also activates the Ubl FAT10, linking Ub signaling to immune-regulated proteostasis. In addition to selective Ub/Ubl activation, UBA1 and UBA6 engage distinct sets of E2s, yet how these enzymes achieve selective E2 engagement has remained unclear. Using chemical trapping and high-resolution cryo-EM, we determine four structures of UBA6-E2 complexes representing the thioester-transfer step with either FAT10 or Ub, revealing how this E1 distinguishes its cognate partners. UBA6 achieves E2 specificity through coordinated contributions of the UFD and SCCH domains, a dual-domain mechanism that contrasts with the UFD-dominated selectivity of UBA1. The structures further show that an existing inositol hexakisphosphate (InsP₆)-binding site, unique to UBA6, stabilizes an expanded SCCH cleft that pre-organizes the enzyme for selective engagement of UBA6-specific E2s. These findings define principles for E1-E2 recognition and identify InsP₆ as a cofactor shaping specificity within the Ub-like conjugation network.
リンクNat Commun / PubMed:41764162 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.73 - 3.86 Å
構造データ

73059

9ykv

EMDB-73059, PDB-9ykv:
Cryo-EM structure of double-loaded human UBA6-UBE2Z-FAT10(t)/FAT10(a) thioester mimetic complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

73060

9ykw

EMDB-73060, PDB-9ykw:
Cryo-EM structure of double-loaded human UBA6-UBE2Z-Ub(t)/Ub(a) thioester mimetic complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

73079

9ylb

EMDB-73079, PDB-9ylb:
Cryo-EM structure of single-loaded human UBA6-UBE2Z/FAT10(a) adenylate complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

73081

9ylf

EMDB-73081, PDB-9ylf:
Cryo-EM structure of single-loaded human UBA6-UBE2Z/Ub(a) adenylate complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

化合物

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP*YM

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE/Ligase / E1 E2 enzymes / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Ligase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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