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タイトルSnapshots of the dynamic basis of NTSR1 G protein subtype promiscuity.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 652, Issue 8110, Page 803-811, Year 2026
掲載日2026年3月11日
著者Alina A Vo / Arnab Modak / Sumin Lu / Scott C Blanchard / Nevin A Lambert / Michael J Robertson /
PubMed 要旨G-protein-coupled receptors (GPCRs) are capable of signalling through four families of G protein α subunits. Although hundreds of nucleotide-free GPCR-G protein complex structures have been solved, ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are capable of signalling through four families of G protein α subunits. Although hundreds of nucleotide-free GPCR-G protein complex structures have been solved, the mechanism of G protein subtype selectivity remains poorly understood, with recent studies suggesting a role for dynamic nucleotide-bound intermediate states. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to visualize the GTP-induced activation of Gαβγ and Gαβγ heterotrimers bound to the neurotensin receptor 1 (NTSR1), which has been demonstrated to be highly promiscuous in G protein coupling and to possess unusual conformations in the nucleotide-free complex. We resolve ensembles of states along the G protein activation pathway, with differences in the structures and their relative populations between Gα and Gα. Structural analysis reveals a key role for several motifs, including intracellular loop 2 (ICL2) and ICL3, in stabilizing the observed intermediate states. Our results are supported by molecular dynamics simulations and kinetic bioluminescence resonance energy transfer experiments, which reveal that the stability of these intermediate states and the signalling of various G proteins are correlated with ICL2 and ICL3 sequences. Single-molecule fluorescence assays of GTP-induced NTSR1-G protein complex dissociation reveal that NTSR1 is liberated significantly faster from Gα, consistent with the relative lack of stable Gα-GTP intermediate states compared with Gα. These findings highlight that transient intermediate-state complexes along the G protein activation pathway have an important role in G protein selection that cannot be explained by nucleotide-free states alone.
リンクNature / PubMed:41813894 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 3.9 Å
構造データ

EMDB-71358, PDB-9p7z:
NTSR1-Gi-NTS(8-13) Complex in the Canonical, AHD Open State (C-Open-Apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-71359, PDB-9p80:
NTSR1-Gi-NTS(8-13) Complex in the Non-Canonical, AHD Open State (NC-Open-Apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-71360: NTSR1-Gi-NTS(8-13) Complex in the Canonical, AHD Closed State (C-Closed-Apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-71361, PDB-9p81:
NTSR1-Gi-NTS(8-13), GTP-bound Complex in the Canonical, AHD Open State (C-Open-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-71362, PDB-9p82:
NTSR1-Gi-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Canonical, AHD Closed State (C-Closed-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-71363, PDB-9p83:
NTSR1-Gi-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Non-Canonical, AHD Open State (NC-Open-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-71364, PDB-9p84:
NTSR1-Gi-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Non-Canonical, AHD Closed State (NC-Closed-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-71365, PDB-9p85:
NTSR1-Gi-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Canonical, AHD Closed State, 3DVA Sorted (C-Closed*-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-71366, PDB-9p86:
NTSR1-G11-NTS(8-13) Complex in the Canonical, AHD Open State (C-Open-Apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-71367, PDB-9p87:
NTSR1-G11-NTS(8-13) Complex in the Canonical, AHD Partially Closed State (C-P-Closed-Apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-71368, PDB-9p88:
NTSR1-G11-NTS(8-13) Complex in the Non-Canonical, AHD Open State (NC-Open-Apo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-71369, PDB-9p89:
NTSR1-G11-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Canonical, AHD Closed State 3DVA Separated 1 (C-Closed-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-71370, PDB-9p8a:
NTSR1-G11-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Canonical, AHD Closed State 3DVA Separated 2 (C-Closed*-GTP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-74080: NTSR1-Gi-NTS(8-13) GTP-Bound Complex in the Canonical, AHD Closed State (C-Closed-GTP), MSP1D1 Nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-74081: NTSR1-Gi-NTS(8-13), GTP-bound Complex in the Canonical, AHD Open State (C-Open-GTP), MSP1D1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Agonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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