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タイトルMolecular basis of CXC chemokine receptor 3 ligand multispecificity.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 16, Page eadz3767, Year 2026
掲載日2026年4月17日
著者Alexandre Bouyssou / Dawei Sun / Tricia Zhou / Shannon Smith / Hoangdung Ho / Matthew Johnson / Caleigh Azumaya / Sigrid Noreng / Peter Liu / Shu Ti / Prajakta Joshi / Christine Tam / Ying Yang / Eric Janezic / Laëtitia Comps-Agrar / Matthieu Masureel /
PubMed 要旨C-X-C motif chemokine receptor 3 (CXCR3) is essential for immune cell functions and pivotal in T helper 1 cell infiltration in autoimmune and chronic inflammatory diseases and in tumor proliferation ...C-X-C motif chemokine receptor 3 (CXCR3) is essential for immune cell functions and pivotal in T helper 1 cell infiltration in autoimmune and chronic inflammatory diseases and in tumor proliferation and metastasis, but the mechanisms by which the endogenous ligands CXCL9, CXCL10, and CXCL11 differentially recognize and activate CXCR3 are not fully understood. Here, we present cryo-electron microscopy structures of all three chemokine-CXCR3-G complexes, complemented by cell binding studies and functional mutagenesis data. We systematically compare the pharmacological and interaction profiles of CXCL9, CXCL10, and CXCL11 to rationalize their varying efficacies and potencies and to reveal the critical role of the membrane-distal CXCR3 N terminus in ligand binding and signaling. Using chimeric chemokines and molecular dynamics, we reveal the signaling plasticity of chemokine ligands and signaling determinants. Together, these insights enable us to propose a multimodal binding and activation framework that explains CXCR3 chemokine ligand multispecificity and signaling versatility and offer tools to interrogate and modulate CXCR3 biology.
リンクSci Adv / PubMed:41996512 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-71075: Consensus map of CXCL9-CXCR3-Gi-scFv16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-71077: Focused map of CXCL9-CXCR3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-71078: Focused map of Gi-scFv16 (components of CXCL9-CXCR3-Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

71079

9p0k

EMDB-71079, PDB-9p0k:
Composite map of CXCL9-CXCR3-Gi-scFv16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

71080

9p0l

EMDB-71080, PDB-9p0l:
Composite map of CXCL10-CXCR3-Gi-scFv16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

71081

9p0m

EMDB-71081, PDB-9p0m:
Composite map of CXCL11-CXCR3-Gi-scFv16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-71082: consensus map of CXCL11-CXCR3-Gi-scFv16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-71083: Focused map of CXCL11-CXCR3 (components of CXCL11-CXCR3-Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-71084: Focused map of Gi_scFv16 (components of CXCL11-CXCR3-Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-71085: consensus map of CXCL10-CXCR3-Gi-scFv16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-71086: Focused map of CXCL10-CXCR3 (components of CXCL10-CXCR3-Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-71087: Focused map of Gi-scFv16 (components of CXCL10-CXCR3-Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / chemokine receptor / IMMUNE SYSTEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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