[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCo-Translational Incorporation of - and -β-Hydroxy Acids : A Structural and Biochemical Study on the Ribosome.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 148, Issue 9, Page 9393-9399, Year 2026
掲載日2026年3月11日
著者Chandrima Majumdar / Alexandra D Kent / Noah X Hamlish / Cathy Zhu / Katelyn A Fitzgerald / Jamie H D Cate / Alanna Schepartz /
PubMed 要旨Engineering the translation apparatus to accept backbone-modified amino acid analogues would enable the programmed synthesis of sequence-defined biopolymers with tunable properties. β-Hydroxy acids ...Engineering the translation apparatus to accept backbone-modified amino acid analogues would enable the programmed synthesis of sequence-defined biopolymers with tunable properties. β-Hydroxy acids are of particular interest because they could support the programmed biosynthesis of both biocompatible polyester materials as well as natural product-like depsipeptides. Previous work has reported that both enantiomers of β-hydroxy-N-Boc-lysine (β-OH-BocK) are substrates for the orthogonal pyrrolysyl-tRNA synthetase (PylRS)/tRNA pair, but only one enantiomer is introduced into protein . Here we make use of high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine the structural basis for this observation. These structures reveal both β-OH-BocK isomers equally well-positioned within the ribosomal A site regardless of stereochemistry. Consistent with this observation, translation reactions charged with tRNAs acylated with - or -β-OH-BocK produced roughly equal amounts of translated product when quantified on the basis of either mass spectrometry or luminescence. Together, these experiments imply that the substantial preferential incorporation of one enantiomer over the other observed previously results primarily from deficiencies in the steps that precede bond formation by the ribosome. Indeed, as predicted by this work and demonstrated in an accompanying paper (Soni, C. Co-Translational Incorporation of ()- and ()-β-Hydroxyacids : Directed Evolution of Efficient Aminoacyl-tRNA Synthetases. 2026, 148, 10.1021/jacs.5c18595), when cells are provided with an active and orthogonal aminoacyl-tRNA synthetase/tRNA pair that accepts both - and -β-OH-BocK as substrates, both monomers are introduced into protein in good yield and with high fidelity.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:41757712 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.14 - 2.56 Å
構造データ

70050

9o2x

EMDB-70050, PDB-9o2x:
Structure of WT E.coli ribosome 70S subunit with complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site (S)-betahydroxyBocK charged NH-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

70051

9o2y

EMDB-70051, PDB-9o2y:
Structure of WT E.coli ribosome 70S subunit with complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site (R) beta-2-hydroxy-BocLysine acid charged NH-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.14 Å

EMDB-70052: 50S focus refined map of E.coli 70S ribosome complexed with P-site fMet-tRNAfMet and A-site S-beta(2)hydroxyBocK-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

EMDB-70054: 30S focus refined map of E.coli 70S ribosome complexed with P-site fMet-tRNAfMet and A-site S-beta(2)hydroxyBocK-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.56 Å

EMDB-70055: 50S focus refined map of E.coli 70S ribosome complexed with P-site fMet-tRNAfMet and A-site R-beta(2)hydroxyBocK-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.14 Å

EMDB-70056: 30S focus refined map of E.coli 70S ribosome complexed with P-site fMet-tRNAfMet and A-site R-beta(2)hydroxyBocK-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

EMDB-70477: 70S global refined map of E.coli 70S ribosome complexed with P-site fMet-tRNAfMet and A-site S-beta(2)hydroxyBocK-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.32 Å

EMDB-70478: 70S global refined map of E.coli 70S ribosome complexed with P-site fMet-tRNAfMet and A-site R-beta(2)hydroxyBocK-tRNAPyl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.17 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-PAR:
PAROMOMYCIN / 薬剤*YM

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE

ChemComp-SPM:
SPERMINE

PDB-1b71:
RUBRERYTHRIN

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1b70:
PHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH PHENYLALANINE

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • methanomethylophilus alvi (古細菌)
キーワードRIBOSOME / 70S / unnatural amino acids / non-natural monomers / beta-2-hydroxy acids / unnatural monomers

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る