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Structure paper

タイトルSelective CDK2 Degradation via Noncanonical Recruitment.
ジャーナル・号・ページJ Med Chem, Vol. 69, Issue 13, Page 15996-16024, Year 2026
掲載日2026年7月9日
著者Yuanyuan Pei / Weiye Lin / Xinzhu Li / Yuhang Meng / Yuling Yin / Benxun Pan / Lixin Zhou / Linhui Cao / Yong Cang / Yi Jiang / Wenchao Lu / Zhanchao Meng /
PubMed 要旨Cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) represents a critical therapeutic target in tumors resistant to CDK4/6 inhibitors or with amplification. However, selective inhibition of CDK2 remains challenging ...Cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) represents a critical therapeutic target in tumors resistant to CDK4/6 inhibitors or with amplification. However, selective inhibition of CDK2 remains challenging owing to the high structural homology among CDKs. In this study, we identify and as cereblon (CRBN)-based molecular glue degraders that selectively degrade CDK2. Ternary complex structures reveal a noncanonical recruitment mode centered on CDK2 Glu57, which bypasses the canonical G-loop/β-hairpin and kinase glycine-rich loop interactions and is stabilized by an extended CRBN-CDK2 interface. Mechanistically, these degraders inhibit retinoblastoma (Rb) phosphorylation and induce G1/S-phase arrest, suppressing CDK2-dependent cell proliferation. further exhibits improved pharmacokinetics, measurable oral bioavailability, and target engagement, achieving intratumoral CDK2 degradation following intraperitoneal administration. Collectively, this study provides a structural blueprint for designing selective kinase degraders and establishes B12 as a chemically tractable probe for targeting CDK2-driven malignancies.
リンクJ Med Chem / PubMed:42334090
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 2.85 Å
構造データ

69221

23sr

EMDB-69221, PDB-23sr:
Cryo-EM structure of CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-69482: Cryo-EM structure of CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11 local refinement (Masked on CDK2-CRBN)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-69484: Cryo-EM structure of CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11 local refinement (Masked on CDK2-CRBN-DDB1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-69485: Cryo-EM structure of CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11 consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

化合物

PDB-1e59:
E.coli cofactor-dependent phosphoglycerate mutase complexed with vanadate

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードCELL CYCLE / Cyclin-Dependent Kinase 2 / Cereblon / Molecular glue / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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