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タイトルStructural Basis and Rational Design of Nucleotide Analogue Inhibitor Evading the SARS-CoV-2 Proofreading Enzyme.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 147, Issue 25, Page 21896-21906, Year 2025
掲載日2025年6月25日
著者Junbo Wang / Yufan Pan / Yixiao Liu / Bo Huang / Ge Jin / Lejin Zhang / Feng Zhou / Xiaoyu Chang / Yucen Huang / Liming Yan / Yuanchen Dong / Zihe Rao / Dongsheng Liu / Zhiyong Lou /
PubMed 要旨All coronaviruses (CoVs) encode an exoribonuclease in nonstructural protein nsp14 (nsp14 ExoN), which is required for the excision of mismatched nucleotides or nucleotide analogues (NAs) that are ...All coronaviruses (CoVs) encode an exoribonuclease in nonstructural protein nsp14 (nsp14 ExoN), which is required for the excision of mismatched nucleotides or nucleotide analogues (NAs) that are incorporated into nascent RNA. Here, we investigated the mechanism by which NAs evade SARS-CoV-2 nsp14 ExoN cleavage using chemically synthesized RNA with NAs incorporated at the 3' end. Nsp14 ExoN exhibited significantly attenuated activity on RNA with sofosbuvir monophosphate (SMP) compared with natural nucleotides, remdesivir/molnupiravir monophosphate, and, in particular, AT-9010 monophosphate (ATMP), which has the same chemically modified ribose moiety as SMP, incorporated at the 3' end. Cryo-electron microscopy structures of nsp10/14 bound to RNA-SMP/-ATMP and mutagenesis studies revealed the essential roles of H95/Q145/F146 in recognizing the base moiety and thus pulling the NAs into a favored conformation for cleavage. Therefore, NAs may evade nsp14 ExoN cleavage by having (1) a base that does not interact with H95, Q145, or F146 and (2) a chemically modified ribose. Guided by this hypothesis, two NAs were designed to effectively resist nsp14 ExoN cleavage. These results inform the rational design of anti-CoV NAs.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:40509573
手法EM (単粒子)
解像度2.99 - 4.22 Å
構造データ

64956

9vck

EMDB-64956, PDB-9vck:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 nsp10/nsp14:RNA:SMP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

64957

9vcl

EMDB-64957, PDB-9vcl:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 nsp10/nsp14:RNA:ATMP complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-64958: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 nsp10/nsp14:RNA:SMP complex (focused on ExoN)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

EMDB-64959: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 nsp10/14:RNA-ATMP complex (focused on ExoN)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-K5X:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-EIF:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / SARS-CoV-2 / exonuclease / nsp14 / nucleotide analogue / VIRAL PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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