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Structure paper

タイトルStructural insights into ligand recognition and G protein preferences across histamine receptors.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 957, Year 2025
掲載日2025年6月27日
著者Yuma Matsuzaki / Fumiya K Sano / Hidetaka S Oshima / Hiroaki Akasaka / Kazuhiro Kobayashi / Tatsuki Tanaka / Yuzuru Itoh / Wataru Shihoya / Yoshiaki Kise / Tsukasa Kusakizako / Asuka Inoue / Osamu Nureki /
PubMed 要旨Histamine exerts critical physiological roles by activating four receptor subtypes, each exhibiting a specific G protein preference. Among these, the histamine H receptor (HR) modulates chemotaxis ...Histamine exerts critical physiological roles by activating four receptor subtypes, each exhibiting a specific G protein preference. Among these, the histamine H receptor (HR) modulates chemotaxis and interferon production through G protein activation, suggesting its therapeutic potential. Despite its physiological significance, the mechanisms underlying HR signalling and G protein preference across histamine receptors remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the HR-G complex, revealing unique mechanisms of histamine recognition and receptor activation. We further solved the structures of the histamine H receptor (HR) bound to the non-canonical G proteins G and G. Through a combination of functional and computational analyses, we identified the intracellular loop 2 as a critical determinant of G protein preference in HR and HR. Collectively, our comprehensive study revealed the structural basis for distinct mechanisms of ligand recognition and receptor activation, offering a profound insight into G protein preference across receptor subtypes.
リンクCommun Biol / PubMed:40579541 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.77 - 3.23 Å
構造データ

63324

9lrb

EMDB-63324, PDB-9lrb:
Cryo-EM structure of the histamine H1 receptor-Gs protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

63325

9lrc

EMDB-63325, PDB-9lrc:
Cryo-EM structure of the histamine H4 receptor-Gi protein complex (Receptor focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

63326

9lrd

EMDB-63326, PDB-9lrd:
Cryo-EM structure of the histamine H1 receptor-Gi protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

63327

9lre

EMDB-63327, PDB-9lre:
Cryo-EM structure of the histamine H4 receptor-Gi protein complex (Overall)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

化合物

ChemComp-HSM:
HISTAMINE / 神経伝達物質, ホルモン*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
  • unidentified (未定義)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Class A GPCR / Histamine / G protein / Complex / Receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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