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タイトルOrphan broadly RBD-binding antibodies annotate three remaining conserved RBD epitopes along SARS-CoV-2 evolution.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 10566, Year 2025
掲載日2025年11月26日
著者Minxiang Xie / Yinong Qiu / Xiaoyu Zhao / Jialu Shi / Yuanchen Liu / Qingsong Zhang / Jiaying He / Jiayan Li / Luotian Liu / Siyuan Sun / Yuzhen Zhu / Qiyu Mao / Yiming Long / Thiago Y Oliveira / Zijun Wang / Yunjiao Zhou / Yan Yan / Anqi Xia / Wenjing Zai / Christian T Mayer / Youhua Xie / Shibo Jiang / Lu Lu / Rong Xia / Fan Wu / Lei Sun / Pengfei Wang / Hin Chu / Qiao Wang /
PubMed 要旨The receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike (S) protein continues to evolve, facilitating antibody evasion. It remains unclear whether any conserved RBD epitopes persist across SARS-CoV- ...The receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike (S) protein continues to evolve, facilitating antibody evasion. It remains unclear whether any conserved RBD epitopes persist across SARS-CoV-2 variants and whether vaccination and/or breakthrough infection (BTI) can elicit antibodies capable of targeting these conserved regions to counter future variants. Here, using a heterogeneous double-bait single B-cell sorting strategy, we identify a subset of antibodies with broad-spectrum RBD binding, including recognition of SARS-CoV-1 and emerging variants such as EG.5.1, BA.2.86, JN.1, and KP.2/3. These broadly binding antibodies (bbAbs) exhibit elevated levels of somatic hypermutation but are infrequently derived from clonally expanded B lymphocytes. Passive transfer of representative bbAbs reduces viral infection in a male hamster model. Structural analyses reveals that these bbAbs primarily target three distinct, highly conserved RBD epitopes, suggesting potential regions of future mutational pressure and highlighting the presence of conserved and immunogenic RBD conformations that may serve as a foundation for the development of broadly protective vaccines.
リンクNat Commun / PubMed:41298374 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 4.16 Å
構造データ

62660

9kzd

EMDB-62660, PDB-9kzd:
The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-171
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

62661

9kze

EMDB-62661, PDB-9kze:
The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-183
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

62680

9kzz

EMDB-62680, PDB-9kzz:
Structure of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-171
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

62687

9l05

EMDB-62687, PDB-9l05:
The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

62691

9l07

EMDB-62691, PDB-9l07:
The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-62729: Raw consensus map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-62731: Focused refinement up-RBD1 of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.06 Å

EMDB-62733: Focused refinement up-RBD2 of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

62734

9l15

EMDB-62734, PDB-9l15:
Structure of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-62744: Raw consensus map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-62745: Focused refinement trimer1 of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-62746: Focused refinement trimer2 of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

62777

9l2l

EMDB-62777, PDB-9l2l:
Structure of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-198
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Spike-antibody complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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