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タイトルStructural basis of orientated asymmetry in a mGlu heterodimer.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10345, Year 2024
掲載日2024年11月28日
著者Weizhu Huang / Nan Jin / Jia Guo / Cangsong Shen / Chanjuan Xu / Kun Xi / Léo Bonhomme / Robert B Quast / Dan-Dan Shen / Jiao Qin / Yi-Ru Liu / Yuxuan Song / Yang Gao / Emmanuel Margeat / Philippe Rondard / Jean-Philippe Pin / Yan Zhang / Jianfeng Liu /
PubMed 要旨The structural basis for the allosteric interactions within G protein-coupled receptors (GPCRs) heterodimers remains largely unknown. The metabotropic glutamate (mGlu) receptors are complex dimeric ...The structural basis for the allosteric interactions within G protein-coupled receptors (GPCRs) heterodimers remains largely unknown. The metabotropic glutamate (mGlu) receptors are complex dimeric GPCRs important for the fine tuning of many synapses. Heterodimeric mGlu receptors with specific allosteric properties have been identified in the brain. Here we report four cryo-electron microscopy structures of mGlu2-4 heterodimer in different states: an inactive state bound to antagonists, two intermediate states bound to either mGlu2 or mGlu4 agonist only and an active state bound to both glutamate and a mGlu4 positive allosteric modulator (PAM) in complex with Gi protein. In addition to revealing a unique PAM binding pocket among mGlu receptors, our data bring important information for the asymmetric activation of mGlu heterodimers. First, we show that agonist binding to a single subunit in the extracellular domain is not sufficient to stabilize an active dimer conformation. Single-molecule FRET data show that the monoliganded mGlu2-4 can be found in both intermediate states and an active one. Second, we provide a detailed view of the asymmetric interface in seven-transmembrane (7TM) domains and identified key residues within the mGlu2 7TM that limits its activation leaving mGlu4 as the only subunit activating G proteins.
リンクNat Commun / PubMed:39609406 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 5.95 Å
構造データ

EMDB-37506, PDB-8wg9:
mGlu2-mGlu4 heterodimer bound mGlu4 agonist E7P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.46 Å

EMDB-37507, PDB-8wgb:
mGlu2-4 heterodimer bound with Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-37508, PDB-8wgc:
heterodimer of mGlu2 and mGlu4 bound with mGlu2 agonist LY379268
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.95 Å

EMDB-37509, PDB-8wgd:
mGlu2-4 inactive heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.45 Å

EMDB-61789: mGlu2-4 heterodimer bound with Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-61799: Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu4 heterodimer bound mGlu4 agonist E7P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.46 Å

EMDB-61800: Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu4 heterodimer bound mGlu4 agonist E7P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

EMDB-61801: Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu4 bound mGlu2 agonist LY379268
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.95 Å

EMDB-61802: Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu4 bound mGlu2 agonist LY379268
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

EMDB-61803: Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu4 heterodimer bound with Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-61804: Cryo-EM focused refined map of mGlu2-mGlu4 heterodimer bound with Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-61805: Cryo-EM focused refined map of mGlu2-mGlu4 heterodimer bound with Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-61806: Cryo-EM consensus map of inactive mGlu2-4 heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.07 Å

EMDB-61807: Cryo-EM focused refined map of inactive mGlu2-4 heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.45 Å

EMDB-61808: Cryo-EM focused refined map of inactive mGlu2-4 heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

化合物

ChemComp-E7P:
(2S)-2-amino-4-phosphonobutanoic acid / L-AP4 / アゴニスト*YM

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


化合物 画像なし

ChemComp-W9R:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-W92:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-WAG:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-WA6:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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