[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure and organization of AMPA receptor-TARP complexes in the mammalian cerebellum.
ジャーナル・号・ページScience, Page eaeb3577, Year 2025
掲載日2025年12月11日
著者Alexander M Scrutton / Nayanika Sengupta / Josip Ivica / Imogen Stockwell / Sew Peak-Chew / Bishal Singh / Kunimichi Suzuki / Veronica T Chang / Stephen H McLaughlin / James M Krieger / A Radu Aricescu / Ingo H Greger /
PubMed 要旨AMPA receptors (AMPARs) are multimodal transducers of glutamatergic signals throughout the brain. Their diversity is exemplified in the cerebellum; at afferent synapses, AMPARs mediate high-frequency ...AMPA receptors (AMPARs) are multimodal transducers of glutamatergic signals throughout the brain. Their diversity is exemplified in the cerebellum; at afferent synapses, AMPARs mediate high-frequency excitation, whereas in Bergmann glia (BG) they support calcium transients that modulate synaptic transmission. This spectrum arises from different combinations of core subunits (GluA1-4), auxiliary proteins, and post-transcriptional modifications. Here, using mass-spectrometry, cryo-EM, and electrophysiology, we characterize major cerebellar AMPARs in pig: calcium-impermeable GluA2/A4 heteromers with four TARP subunits, mainly neuronal in origin, and BG-specific calcium-permeable GluA1/A4 heteromers containing two Type-2 TARPs. We also showed that GluA4 receptors consistently exhibit compact N-terminal domains that promote their synaptic delivery. Our study defines the organizational principles of mammalian cerebellar AMPAR complexes and reveals how different receptor subtypes support cell-type specific functions.
リンクScience / PubMed:41379938
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 4.5 Å
構造データ

54543

9s3o

EMDB-54543, PDB-9s3o:
Cerebellar GluA2/4 NTD heterophilic tetramer interface (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

54547

9s3q

EMDB-54547, PDB-9s3q:
Cerebellar GluA1/4 NTD tetramer (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

54556

9s3z

EMDB-54556, PDB-9s3z:
Cerebellar GluA1/4 LBD tetramer (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

54558

9s41

EMDB-54558, PDB-9s41:
Cerebellar GluA1/4 TMD with TARP gamma 7 (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-54559: Cerebellar GluAx/A4 TMD with four TARPs (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-55413: GluA4 N-terminal domain bound to nanobody NB74 (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-55414: GluA4 LBD-TMD with TARP gamma 2 (focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-55418: GluA4 with TARP gamma2 (consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-55419: Full-length GluA4 with TARP gamma 2 (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-E2Q:
6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide / アンタゴニスト*YM

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • Rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / AMPA ionotropic glutamate receptor

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る