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タイトルSpatial N-glycan rearrangement on αβ integrin nucleates galectin-3 oligomers to determine endocytic fate.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9461, Year 2025
掲載日2025年10月27日
著者Massiullah Shafaq-Zadah / Estelle Dransart / Ilyes Hamitouche / Christian Wunder / Valérie Chambon / Cesar A Valades-Cruz / Ludovic Leconte / Nirod Kumar Sarangi / Jack Robinson / Siau-Kun Bai / Raju Regmi / Aurélie Di Cicco / Agnès Hovasse / Richard Bartels / Ulf J Nilsson / Sarah Cianférani-Sanglier / Hakon Leffler / Tia E Keyes / Daniel Lévy / Stefan Raunser / Daniel Roderer / Ludger Johannes /
PubMed 要旨Membrane glycoproteins frequently adopt different conformations when altering between active and inactive states. Here, we discover a molecular switch that exploits dynamic spatial rearrangements of ...Membrane glycoproteins frequently adopt different conformations when altering between active and inactive states. Here, we discover a molecular switch that exploits dynamic spatial rearrangements of N-glycans during such conformational transitions to control protein function. For the conformationally switchable cell adhesion glycoprotein αβ integrin, we find that only the bent-closed state arranges N-glycans to nucleate the formation of up to tetrameric oligomers of the glycan-binding protein galectin-3. We propose a structural model of how these galectin-3 oligomers are built and how they clamp the bent-closed state to select it for endocytic uptake and subsequent retrograde trafficking to the Golgi for polarized distribution in cells. Our findings reveal the dynamic regulation of the glycan landscape at the cell surface to achieve oligomerization of galectin-3. Galectin-3 oligomers are thereby identified as functional decoders of defined spatial patterns of N-glycans on specifically the bent-closed conformational state of αβ integrin and possibly other integrin family members.
リンクNat Commun / PubMed:41145507 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 8.5 Å
構造データ

17269

8oxz

EMDB-17269, PDB-8oxz:
Rat alpha5beta1 integrin, headpiece
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17270: Rat alpha5beta1 integrin, leg piece
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-51027: Complex of nanodisc-embedded alpha5beta1 integrin with Gal3 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-51028: Complex of nanodisc-embedded alpha5beta1 integrin with Gal3 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-51029: Complex of nanodisc-embedded alpha5beta1 integrin with Gal3 tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-54200: Complex of peptidisc-embedded alpha5beta1 integrin and galectin-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL ADHESION / integrin / glycoprotein / membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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