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万見
- PDB-8oxz: Rat alpha5beta1 integrin, headpiece -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oxz
タイトルRat alpha5beta1 integrin, headpiece
要素
  • Integrin beta-1
  • Integrin subunit alpha 5
キーワードCELL ADHESION / integrin / glycoprotein / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic membrane adhesion to extracellular matrix / Elastic fibre formation / Fibronectin matrix formation / Molecules associated with elastic fibres / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / MET interacts with TNS proteins / protein transport within lipid bilayer / response to gonadotropin / Laminin interactions / MET activates PTK2 signaling ...synaptic membrane adhesion to extracellular matrix / Elastic fibre formation / Fibronectin matrix formation / Molecules associated with elastic fibres / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / MET interacts with TNS proteins / protein transport within lipid bilayer / response to gonadotropin / Laminin interactions / MET activates PTK2 signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of cell projection organization / Integrin cell surface interactions / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Syndecan interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / ECM proteoglycans / Basigin interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / GPER1 signaling / RAC2 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / hemidesmosome / establishment of Sertoli cell barrier / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / response to transforming growth factor beta / Signal transduction by L1 / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / myelin sheath abaxonal region / CD40 signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / integrin alphav-beta1 complex / regulation of synapse pruning / basement membrane organization / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / cardiac muscle cell myoblast differentiation / maintenance of postsynaptic specialization structure / bicellular tight junction assembly / tissue homeostasis / cellular response to vitamin D / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / germ cell migration / cell projection organization / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / glycinergic synapse / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / myoblast differentiation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axon extension / positive regulation of cell-substrate adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of fibroblast migration / regulation of spontaneous synaptic transmission / epidermal growth factor receptor binding / lamellipodium assembly / sarcomere organization / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / muscle organ development / positive regulation of wound healing / dendrite morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of Rho protein signal transduction / response to muscle activity / cell-substrate adhesion / positive regulation of sprouting angiogenesis / endodermal cell differentiation / alpha-actinin binding / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of endocytosis / fibronectin binding
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin subunit alpha 5 / Integrin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Roderer, D. / Dransart, E. / Shafaq-Zadah, M. / Bartels, R. / Johannes, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic N-glycan rearrangement nucleates galectin-3 oligomers to determine endocytic fate
著者: Shafaq-Zadah, M. / Dransart, E. / Wunder, C. / Chambon, V. / Valades-Cruz, C.A. / Leconte, L. / Sarangi, N.K. / Robinson, J. / Bai, S.-K. / Regmi, R. / Di Cicco, A. / Hovasse, A. / Bartels, R. ...著者: Shafaq-Zadah, M. / Dransart, E. / Wunder, C. / Chambon, V. / Valades-Cruz, C.A. / Leconte, L. / Sarangi, N.K. / Robinson, J. / Bai, S.-K. / Regmi, R. / Di Cicco, A. / Hovasse, A. / Bartels, R. / Nilsson, U.J. / Cianferani-Sanglier, S. / Leffler, H. / Keyes, T.E. / Levy, D. / Raunser, S. / Roderer, D. / Johannes, L.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Integrin subunit alpha 5
Q: Integrin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,93210
ポリマ－208,1622
非ポリマー1,7708
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5590 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area49170 Å2

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要素

#1: タンパク質 Integrin subunit alpha 5


分子量: 119567.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: headpiece, residues 94 - 691 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver / 組織: Liver / 参照: UniProt: A0A0G2K1E2
#2: タンパク質 Integrin beta-1 / Beta oligodendroglia / Beta OL / Fibronectin receptor subunit beta / VLA-4 subunit beta


分子量: 88594.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver / 組織: Liver / 参照: UniProt: P49134
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus / タイプ: COMPLEX / 詳細: Purified from rat liver and desialated / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Vitrified immeadiately after elution from NiNTA beads
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4778: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.03最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.03３次元再構成
14PHENIXdev 4778モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1444502
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101740 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 144 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation
原子モデル構築詳細: Homology model generated from PDB 7NXD / Source name: Modeller / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048503
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74211531
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3071211
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511276
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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